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遊歩はふと気がつくとフィールド魔法のような不思議な空間に佇んでいた。途方に暮れる遊歩の耳に聞き覚えのある声が入ってくる。その声の主は行方不明となっていた仲間たちだった！しかし、仲間たちと再会を果たしたはずの遊歩はなぜかとても慌てた様子で…。

竜宮兄弟に敗れたデュエリストを襲う不可解な現象…。“アイツ”と遊飛がその身を賭して掴んだ真実に近づこうと、アイツの足跡を辿る遊歩の前に、竜宮フェイザーが姿を現す。「見えたヨ、私のロードが」フェイザーとの激しいデュエルが、遊歩を真実へと導く！

ゴロッセオへ入っていくトレモロを目撃したユウディアスは、遊飛の仇を討とうとトレモロにデュエルを挑む！自分と兄の周りを嗅ぎ回る須海たちを追跡するため、規律違反を犯してまでゴロッセオにやってきたトレモロ。彼には守り抜きたいある“秘密”があった。

“ＭＩＫの最重要機密”を手にＵＴＳを訪れたものの、裏切り者として捕らえられてしまうマナブ。突然現れたズウィージョウには「お帰り」モードで接するＵＴＳメンバーに納得ができないマナブは、自分も認めてもらおうとズウィージョウにデュエルを仕掛ける！

ムツバ重機のカード製造プラントを襲撃し、デュエルでＭＩＫ隊員たちを打ち破っていくアサカたち反乱軍！しかし、快進撃を続けるアサカたちの前にＭＩＫ幹部“エナジーこぴこ”が立ち塞がる！一方、ゴーハ堂に潜入した遊歩たちは地下室であるものを発見する。

ＭＩＫに対しレジスタンス運動を始めた遊歩たち。一方、やめたはずのラッシュデュエルに心を乱されていた遊飛は、思いがけずＭＩＫからの逃亡者、ランランに出会う。ランランを追う竜宮(りゅうぐう)トレモロと相対した遊飛。果たして彼の取った選択とは…。

いつもの朝、ＵＴＳの仕事をこなし慌ただしく登校する遊歩。現在校内は生徒会長選挙の真っ只中。ひょんなことから遊歩とアサカで生徒会長の座を巡る一騎打ちデュエルをすることに！いつも笑顔が溢れる場所。そう、ここは地下宇宙人居住区、第８宇宙人中学校！

『オペレーションＭＩＫ』迷惑異星人完全排除を目的としたこの計画は、宇宙人とその関係者を地下宇宙人居住区に追いやった。反旗を翻し、単身ゴーハ堂へと戻ってきたユウナは、社長室で待ち構えていたマナブにフェイザーの行方を聞き出そうとデュエルを挑む！

遊飛はやさぐれていた。ＵＴＳやラッシュデュエルから距離を置き、やさぐれ仲間とつるんで悪さを繰り返していた。そしてあの日、己の無力さに苛(さいな)まれ彷徨(さまよ)っていた遊飛は、ＭＩＫ総帥、竜宮(りゅうぐう)フェイザーと“アイツ”のデュエルを目撃することとなる。

ベルギャー星団での闘いを終えたユウディアスは、遊飛たちに報告するため、地球への帰還を決意する。「おかえりユウディアス」あの頃と変わらぬ様子で出迎えてくれたＵＴＳメンバーたち。再会を喜ぶユウディアスだったが、同時に僅かな違和感を感じていた…。