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突如、ユウディアスたちの目の前に消滅したはずのズウィージョウが現れる。思わぬ再会に感激するユウディアスに反し、強硬にデュエルを迫ってくるズウィージョウ！「ワレはダークマイスターの騎士、ダークマター帝国の黒き刃、ダークメン・ズウィージョウ！」

ユウディアスたちが、増えたり減ったりするダマムーの謎について話し合っていると、バリベルギャーの中に再びサビュアスが現れる！ダークマイスターの欲するカレーパンを求めてデュエルを挑んでくるサビュアス。応戦するのはバリベルギャーの船長、エポック！

ダークマター漂う闇の渦で一つの意識が覚醒する。突如、ダークマター帝国に降り立った男…。城まで連れてこられたその男に、皇帝“ダークマイスター”はデュエルディスクとデッキを与える。邂逅した二人、男とダークマイスターはラッシュデュエルで語り合う。

相変わらずのカレーパン生活を続けるユウディアスたちの前に、ダークマター帝国の“大”幹部フカムラが姿を現す！倉庫の奥に眠るとあるカレーパン…。それを手中に収めようとデュエルを仕掛けてきたフカムラに対し、バリベルギャー副長のマナブが立ち上がる！

ニャカヨシ星の地下に謎の空間を発見したユウディアスたちは、ニャカヨシ星に代々伝わる“秘密の部屋”を見つけようと、様々な部屋で様々な勝負に挑む。最後の部屋に出現したダークマター帝国の刺客ゼイエトは、デュエルの相手としてユウディアスを指名する！

ベルギャー人復活の手掛かりを求めてニャカヨシ星を訪れたユウディアスたち。遺跡の調査中、どこからか「ママぁー！」という声が…。影から現れニャンデスターをママと呼ぶダークメン、ブリュエア。ママ、じゃないというニャンデスターがデュエルで迎え撃つ！

救援物資到着！しかし、届いたのはマナブとニャンデスターの二人だけ…。『カレーパン同じ味地獄』が続くバリベルギャー内は、たった一つのお菓子を巡って争いが起きるほど混乱を極めていた。エポック対マナブ、船を束ねる“キャプテン”はデュエルが決める！

新たな同行者“バリベルギャーＣＰＴ”の不注意で鉱山惑星に不時着した一行。不時着の衝撃でトイレが使用不能に…。すると突然、遊飛の影からサビュアスと名乗る謎の侵入者が現れる。トイレの修理を阻むサビュアスとモジモジする遊飛がデュエルをすることに！

バリベルギャーで再び宇宙へと旅立ったユウディアスたち！しかし、うず高く積み上げられた船内唯一の食料“カレーパン”が彼らを追い詰めていく。カレーパンに飽きた一同は新しい味を求めて超物質まぜまぜ機にカレーパンと宇宙ドラゴンの反物を投入するが…。

「私一人くらい味方になってあげたっていいじゃない！」この宇宙でただ一人、未来の子供達のために闘い、傷を負う遊我。そんな遊我に代わりデュエルディスクを手にした遊歩は、遊飛の意志を継ぐユウディアスと相対する。勝者なきデュエルが新たな波紋を描く！