雷丸と氷丸は互いに仲が悪いが強力で、翔と剣山のＬＰは早くも1000を切る。剣山の恐竜モンスターは、氷丸の氷デッキと相性が悪く、また翔の乗り物モンスターは、雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。だが口ゲンカをしていた翔たちは、十代に迷惑がかかると知った時、団結し始める。

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プロリーグでエドに負けて以来、カイザー亮に精彩がない。怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いデュエルだ。カイザー亮ＶＳ犬飼のデュエル。サイバードラゴンなどの機械族を錆びつかせる「酸のラストマシンウィルス」により、カイザーはモンスター召喚を封じられた上に、ダメージを受ける。ＬＰが減る度に体に電流が流され、観客は興奮する…。

十代の留守中に、翔とティラノ剣山が、「十代の弟分」の地位をめぐってケンカする。翔ＶＳ剣山の、アニキへの熱き想いを賭けたデュエルが始まる。まず剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が、翔にダイレクトアタックを決める。翔は永続罠「サイバー・サモン・ブラスター」で、剣山のライフを少し（300）ずつ奪う。さらに「レスキューキューロイド」「デコイロイド」で防御コンボを完成させる…。

イエロー寮長の樺山教授は、カレーをえさに、レッド寮に入り浸りっぱなしのティラノ剣山たちをイエロー寮に連れ戻そうとする。剣山ＶＳ樺山のデュエル。樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、ニンジン、ポテト、玉ねぎを順にゲームから除外させて、ついに「カレー魔人　ルー」を召喚する。ルーは、スパイスカードにより、攻撃力４１００にまで上がる。それはまるで、用意周到に準備して、じっくり煮込んだカレーのようであった。

失意の十代は亜空間をさまよう。不思議だがフレンドリーなイルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。だがそれは宇宙意思の力により、完全なるカードに進化していた。十代は敵性宇宙生物とデュエルする。宇宙の果てにあるエネルギー体「ネオスペース」の力を得て、モンスターをパワーアップさせるという新デッキのコンセプトを、十代は理解し始める。

万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。

十代はエドに負けて、カードが白紙にしか見えなくなる。　一方、クロノスたちの命を受け、吹雪が、妹の明日香とデュエルする。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビを組んで芸能界デビューしたい。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身動きがとれず、攻撃時は元の攻撃力のままという効果で役に立たない。明日香は儀式モンスター｢サイバーエンジェル」シリーズで対抗する。

エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、不気味に運命の時を刻む。さらに「Ｄヒーロー」シリーズのモンスターを次々と召喚する。それはディスティニー（運命）に導かれた、Ｅヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由に操るという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされ、復活した時には敵に操られて攻撃を受けるコンボに苦しむ。ついに時計塔に幽閉されいていたＤヒーローが現れる。

どちらが真のヒーロー使いか決着をつけよう ～十代VSエドのデュエルが始まる。十代はフレイム・ウィングマンで先制攻撃をする。すぐにエドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちをしかける。さらに戦いは、シャイニング・フレア・ウィングマンＶＳシャイニング・フェニックスガイの上級融合Ｅヒーローの戦いになる。エドは、能天気にヒーローに憧れる十代を認めない。

プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド・フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは違うカードや戦術を持ち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。カイザーはサイバードラゴン系で迎え撃つ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思う。ついにカイザーはパワーボンドで強化したサイバーツインドラゴンで王手をかけるが…。

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことが条件だ。翔は怯えるが、十代たちの言葉にヤル気を出し始める。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦う。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト・プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。翔は「パワーボンド」をあえて使わずに戦い、3体のビークロイドを合体させて「ジャンボドリル」を召喚する。