三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…。

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白の結社から、シューティングゲームの覇者・銀流星が刺客として送られる。宇宙戦艦さながらのデュエルシステムで、十代と銀が戦う。銀の「巨大戦艦テトラン」は、３重のシールドが張り巡らされ、なかなか破壊できない。さらに永続魔法「ボスラッシュ」で、クリスタル・コア、ビッグ・コアといった巨大戦艦を絶え間なく召喚する。十代はもぐらの様な「グラン・モール」で空間にワームホールを作るが…。

万丈目はブルーの生徒を次々と倒し、ブルー寮を白く染める不可解な行動をとる。斎王が率いる「光の結社」こそが学園を納めるべきだと言う。明日香がそれを阻止しようとデュエルする。万丈目の永続魔法「ヘルズ・ホワイト」は、自分の手札をすべて見せてプレーするかわりに、相手に600のダメージを与える。その戦術に、明日香はペースを乱される。万丈目はすかさずアームドドラゴンで、明日香を追いつめる。

レッド寮廃止をめぐり、クロノス臨時校長とナポレオン教頭が衝突する。教諭同士のデュエル。ナポレオンの軍隊デッキから、３体の「トイ・ソルジャー」が現れ、魔法カード「強行軍」「鼓笛隊」によって、クロノスに大ダメージを与える。その瞬間、レッド寮には鉄球が打ち込まれて壊され始める。クロノスが「アンティークギア」モンスターで反撃をすると、大工がレッド寮を修復し始める。

ネオスデッキを使いこなせていない十代は、Ｄヒーローの直接攻撃にさらされてＬＰ＝200のピンチになる。だがネオスデッキから「エア・ハミングバード」でライフを大きく回復させ、「フレア・スカラベ」を攻撃力を上げて召喚する。さらにフィールド魔法の新たなる空間「ネオスペース」内で、「Ｅヒーロー・ネオス」（攻撃力2500）とコンタクトさせて、「フレア・ネオス」を召ぶ…。

久しぶりに十代が帰ってくる。レッド寮の廃止を賭けて、エドと戦う。エドのＤヒーローは依然強力だ。十代は前回の敗北から完全に立ち直り、宇宙の波動をキャッチして進化するという「ネオス」デッキで戦うと意気揚々だ。アクア・ドルフィン、Ｅヒーロー・ネオス、アクア・ネオスと進化させ、ドレッドガイを打ち破るが、その瞬間デッキに戻ってしまった!? 十代は「ネオス」デッキを使いこなせるのか？

森で迷子の十代は、空腹で薄れ行く意識の中で、今までのデュエルを思い出す。入学試験ではクロノス教諭の「アンティーク・ギア・ゴーレム」を「フレイムウィングマン」で打ち破ったこと。入学直後、ブルー寮のエリートだった万丈目の「XYVWZドラゴンキャノン」と戦ったこと。アカデミアの代表権を賭けて三沢の７番目のデッキと戦ったこと。カイザー亮の「サイバーエンドドラゴン」の前に始めて負けたこと…。

プロリーグでエドに負けて以来、カイザー亮に精彩がない。怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いデュエルだ。カイザー亮ＶＳ犬飼のデュエル。サイバードラゴンなどの機械族を錆びつかせる「酸のラストマシンウィルス」により、カイザーはモンスター召喚を封じられた上に、ダメージを受ける。ＬＰが減る度に体に電流が流され、観客は興奮する…。

十代の留守中に、翔とティラノ剣山が、「十代の弟分」の地位をめぐってケンカする。翔ＶＳ剣山の、アニキへの熱き想いを賭けたデュエルが始まる。まず剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が、翔にダイレクトアタックを決める。翔は永続罠「サイバー・サモン・ブラスター」で、剣山のライフを少し（300）ずつ奪う。さらに「レスキューキューロイド」「デコイロイド」で防御コンボを完成させる…。

イエロー寮長の樺山教授は、カレーをえさに、レッド寮に入り浸りっぱなしのティラノ剣山たちをイエロー寮に連れ戻そうとする。剣山ＶＳ樺山のデュエル。樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、ニンジン、ポテト、玉ねぎを順にゲームから除外させて、ついに「カレー魔人　ルー」を召喚する。ルーは、スパイスカードにより、攻撃力４１００にまで上がる。それはまるで、用意周到に準備して、じっくり煮込んだカレーのようであった。

失意の十代は亜空間をさまよう。不思議だがフレンドリーなイルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。だがそれは宇宙意思の力により、完全なるカードに進化していた。十代は敵性宇宙生物とデュエルする。宇宙の果てにあるエネルギー体「ネオスペース」の力を得て、モンスターをパワーアップさせるという新デッキのコンセプトを、十代は理解し始める。