万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。

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隼人は、絵がうまく、Ｉ2社のカードデザインコンテストで優勝する。だがクロノス教諭との試験デュエルに勝たなければ、希望するカードデザイナーになれない。隼人ＶＳクロノスの決闘。隼人にプレイミスはなく、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負をするが、次第にアンティークギアゴーレムに圧倒されて、くじけそうになる。一年前のオーストラリア旅行での決心を思い出し、魔法「エアーズロック・サンライズ」で逆転を狙う…。

十代に立ちはだかる２体の幻魔の攻撃力は5000と4000。さらに第３の幻魔「幻魔皇ラビエル」（攻撃力4000）も召喚される。影丸の狙いは十代をも取り込んで、デュエルモンスターから永遠の生命を得ること。十代はLPが600に下がる。だが大徳寺が残した謎のカードに願いをかけ、シャイニングフレアウィングマンの融合と解除を巧みに使って、ピンチをしのぐ。エリクシーラーにそのカードを装着して、一気に逆転を狙う。

理事長の影丸老人が七精門の鍵を奪い、「三幻魔」のカードを手中にする。十代ＶＳ影丸老人の決闘。影丸は、第１の幻魔「神炎皇ウリア」を召喚する。攻撃力は墓地の罠カードの数×1000で、相手の罠を跳ね返す。十代はウリアを破るが、その度に簡単に復活される。さらに第２の幻魔「降雷皇ハモン」（攻撃力4000）が召喚され、十代は２体の幻魔を前に、苦しい状況になる。影丸は幻魔を通じて、デュエルモンスターの精気を得て、若い肉体になる。

万丈目は明日香への恋心が抑えられなくなる。吹雪にそそのかされて、七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要する。万丈目ＶＳ明日香の恋を賭けた決闘。万丈目は「恋文」「秘めた思い」のカードを使いつつ、勝手に恋の誇大妄想をする。おジャマトークンとおジャマキングで明日香のモンスター召喚を封じて勝利をつかみかけるが、「恋に勝つこと」を優先して、好機を逃す。明日香は「サイバーエンジェル」で逆転を狙う。

アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体もまた大徳寺であった。この姿は錬金術の力で人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオス、双子の太陽等を使い、舞台を太陽系宇宙に変える。構成する惑星には、明日香、万丈目、吹雪が閉じ込められていた。十代は惑星直列の攻撃を受ける。ついに三つ子の太陽（攻撃力3900）が現れる…。

七精門の６つの鍵が開く。十代は廃寮に行き、大徳寺のミイラ死体を見つける。最後のセブンスターズ「アムナエル」が現れる。十代ＶＳアムナエルの決闘。敵は錬金術の考え方をベースにしたデッキだ。十代は多彩な属性のＥヒーローで攻撃する度に、永続罠「エレメンタル・アブソーバー」に無効化される。さらに錬金釜カオス・ディスティルから次々とモンスターが現れ、ダイレクトアタックを仕掛けてくる。

大徳寺先生が消え、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入る。一方、明日香は消えた吹雪を追って、最後のセブンスターズである謎のデュエリストと決闘するが、圧倒的な力の差で負ける。万丈目も大徳寺の手がかりを追って、謎のデュエリストにたどり着き決闘するが負ける。大徳寺は無事なのか･･･？そしてこの謎のデュエリストの正体は･･･？

ギャンブル界で成功した青年「ボーイ」が、アカデミアに乗り込んで、自分をセブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイの戦術は、コインの表裏を当ててデュエルをリードするギャンブルデッキだ。「セカンドチャンス」で２回のコイントスをし、確実に表裏を当てていく。しかし明日香は、幼少期からボーイの弱点を見抜いていた…。

学園祭でコスプレデュエル大会が開催される。明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンに扮装する。十代とのデュエルに、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補する。十代VSブラマジガールの決闘。ブラマジガールのかわいくて、意外（？）に強力なデッキから、マジシャンズ・ヴァルキリア、ブラマジガールなどが召喚され十代は押される。これ程の実力を持つ少女は、アカデミアにはいないはずだが…。

明日香は記憶が戻らない兄の看病を続ける。兄の記憶をかけて、明日香はタイタンと決闘する。タイタンは以前のインチキ決闘者ではなく、真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは「デーモン・マタドール」系モンスターと、「闇の闘牛場～ダーク・アリーナ」で明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。明日香の「サイバー・ブレイダー」は、暗闇で攻撃対象を選べず、マタドールに破壊される。