イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

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大徳寺先生が消え、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入る。一方、明日香は消えた吹雪を追って、最後のセブンスターズである謎のデュエリストと決闘するが、圧倒的な力の差で負ける。万丈目も大徳寺の手がかりを追って、謎のデュエリストにたどり着き決闘するが負ける。大徳寺は無事なのか･･･？そしてこの謎のデュエリストの正体は･･･？

ギャンブル界で成功した青年「ボーイ」が、アカデミアに乗り込んで、自分をセブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイの戦術は、コインの表裏を当ててデュエルをリードするギャンブルデッキだ。「セカンドチャンス」で２回のコイントスをし、確実に表裏を当てていく。しかし明日香は、幼少期からボーイの弱点を見抜いていた…。

学園祭でコスプレデュエル大会が開催される。明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンに扮装する。十代とのデュエルに、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補する。十代VSブラマジガールの決闘。ブラマジガールのかわいくて、意外（？）に強力なデッキから、マジシャンズ・ヴァルキリア、ブラマジガールなどが召喚され十代は押される。これ程の実力を持つ少女は、アカデミアにはいないはずだが…。

明日香は記憶が戻らない兄の看病を続ける。兄の記憶をかけて、明日香はタイタンと決闘する。タイタンは以前のインチキ決闘者ではなく、真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは「デーモン・マタドール」系モンスターと、「闇の闘牛場～ダーク・アリーナ」で明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。明日香の「サイバー・ブレイダー」は、暗闇で攻撃対象を選べず、マタドールに破壊される。

セブンスターズの次なる刺客は「アビドス３世」。古代エジプトで無敗を誇った「デュエルの神」と呼ばれた少年王だ。十代VSアビドス３世の決闘。十代は互角の勝負をし、アビドスに「お前は本当は弱いだろう」と言う。アビドスは初めて決闘の手ごたえを感じ、嬉しくなる。アビドスは場に３つの棺をそろえて「スピリッツ・オブ・ファラオ」を召喚し、同時に４体のシモベで脇を固める。だが十代も反撃にそなえ大きな布石を打っていた…。

十代たちの「七精門の鍵」が盗まれる。学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団５人衆の仕業だった。事件を解決した万丈目VS黒サソリ団（リーダー＝ザルーグ）の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻めるが、黒サソリ５人衆に封じされてしまう。5人のコンビネーション攻撃をくらい１ターンで2000LPを失い、もう一度攻撃を受ければ万丈目は負ける。万丈目はおジャマトリオに賭ける。

島に大金持ちのアナシスという男が上陸し、三幻魔のカードを賭けて「闇のデュエル」をしようという。海底でいざデュエルというときに、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」勘違いしていたことに気づく。海のデュエルをしたい十代は、決闘を申し込む。十代ＶＳアナシスの決闘。フィールド魔法「伝説の都アトランティス」で、アナシスの水属性モンスターが有利になる｡「暗黒大要塞鯱」「海竜ダイダロス」等の強力水モンスターに十代は苦しむ。

三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放される。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベル、どれも三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を持ち、タニヤに勝負を申し入れる。十代ＶＳタニヤの決闘。「アマゾネスの剣士」とバトルして勝ってもダメージは十代に降りかかる。またフィールド魔法「アマゾネスの死闘場」は、互いの体力の限りを尽くしてバトルする肉弾戦のようだ。２人は戦ううちに互いを認め合う。

3人目の刺客はアマゾネスの「タニヤ」。三沢を指名して、負けたら婿になれという。三沢ＶＳアマゾネス・タニヤの決闘。徹底して計算された三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。しかし、タニヤのアマゾネスデッキは大雑把なイメージとは違い、実はよく計算されたデッキだった。積極的に好意を伝えるタニヤに、冷静な三沢は精神的にも揺さぶられる。

万丈目の兄がアカデミアを買収しようとする。買収の条件として、万丈目サンダーＶＳ万丈目の兄・長作の決闘が始まる。万丈目は攻撃力500以上のモンスターを使えないハンデを背負わされるが、なんとか弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。召喚するモンスターは守備表示でしのぐしかできない。長作は攻撃力2500級のドラゴンで攻勢をかける。だが、お邪魔トリオ３体を場にそろえた時、万丈目サンダーの反撃が始まる…。