万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。

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LPは早くも700VS3000で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の７体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが…。

十代たちは、７人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある３枚のカードを守るために、校長より７つの鍵を渡される。１人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。

十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を建て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない…。

大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷－ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。

万丈目のアームド・ドラゴンはレベル７（攻撃力2800）になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームド・ドラゴンLV７を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。

アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。

格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目ＶＳノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?

十代を排除したいクロノスは、最終兵器（？）として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代ＶＳ茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。

「融合」を三沢に封じられた十代は、Ｅヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン（攻撃力2600）に、フィールド魔法「摩天楼」でＥヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいＥヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。

学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代ＶＳ三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで７番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Ｅヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。