イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

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格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目ＶＳノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?

十代を排除したいクロノスは、最終兵器（？）として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代ＶＳ茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。

「融合」を三沢に封じられた十代は、Ｅヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン（攻撃力2600）に、フィールド魔法「摩天楼」でＥヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいＥヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。

学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代ＶＳ三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで７番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Ｅヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。

十代の部屋に転入生の少年レイが加わる。だが風呂に入らなかったり、カイザーに執着を持ったりと不可解なことがある。レイがカイザーの部屋を物色した時、後を追った十代はレイの秘密を知る。十代だけがブルーの生徒に捕まるが、レイのことは言わなかった。秘密を賭けて、十代ＶＳレイの決闘が始まる。レイは「恋する乙女」など恋愛テイストのデッキだ。それはレイの気持ちを象徴していた。

十代は、遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に苦戦する。LPは既に1300VS4000。攻撃力2800の「混沌の黒魔術師」「ブラックマジシャン・ガール」「カオスソルジャー」などに圧倒される。精神面でも追い込まれた十代は、次第に平常心を失い、デュエルキングに勝つことはできない、とあきらめかける。だが、敵にはなく、自分のみが持つ強さにやがて気づく。

学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになった。だが前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれる。神楽坂はクロノス、翔を一瞬で破り、十代の前に現れる。十代ＶＳ神楽坂の決闘、それは十代ＶＳ遊戯デッキの決闘でもあった。神楽坂は、トップデュエリスト達のテクニックを研究し尽くしている。遊戯のデッキを卒なく使いこなし、遂にはブラックマジシャン等を召喚する。

十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、ここ数日、何者かに盗まれて、もうないと知る。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗む、とても「引き」の強い者のようだ。半ば野生化した元ブルーの生徒の大山（たいざん）を捕らえる。「引き」を強化するため、一年間、大自然の中で荒行をしていた男だ。十代ＶＳ大山の決闘。大山のデッキは「引き」のみに賭けた無謀で大胆なデッキだ。

深夜にオベリスクブルーの生徒が、謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が頻発する。クロノスは十代に犯人探しを命じる。ラーイエローの大原は、大きな男だが、おとなしくデュエルの腕もない。親友の小原は、デュエルの実力はありそうだが気が弱く、試合では負けてばかり。ブルーの生徒にバカにされても何も言えない。夜、犯人を追った十代が捕えたのは、大原だったが…。十代ＶＳ大原の決闘。

テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、バツとして、テニス部の熱血部長の綾小路にしごかれる。明日香と話していると、綾小路が勘違いをして、フィアンセの座をかけてデュエルで決着をつけようと言い出す!?十代ＶＳ綾小路の決闘。テニス一色の綾小路のデッキからは、伏せたカードの種類を当てさせ、外れたらライフを削る攻撃が炸裂する。テニスさながらの雰囲気でのデュエルに、十代は戸惑う。