イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

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冬休みでほとんどの生徒が帰省し、学園はひっそりとする。オカルトを研究している高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺の話では、その後、サイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生け贄にすべく狙っていると言う。十代は、消えた高寺を追って、まだ不完全な体のサイコショッカーの精霊とデュエルする。十代ＶＳサイコショッカーの決闘。サイコの永続魔法「エクトプラズマー」により、次々と十代のライフが削られる…そして、ついにサイコがデュエルでも召喚される。

行方不明の万丈目を探すうちに、人間の手によって改造されたデュエル猿（SAL）に出会う。SALは女子を人質にとり、脱走させろと主張する。十代はSALに、デュエルでハナシをつけようと持ちかける。十代VS SALの決闘。SALのデッキからは「怒れる類人猿」「アクロバットモンキー」の猿系モンスターが召喚される。だが「DNA改造手術」「野生解放」によって自らのモンキーが破壊される…あたかもＳＡＬ自身の未来を暗示してるかのように。

ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではNo.1クラスの優等生だ。十代は陽気で屈託のない三沢を好きになる。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場がそろそろ危うい。イエローNo.1新入生の三沢と学園残留を賭けてデュエルする。三沢VS万丈目の決闘。万丈目は炎属性デッキで挑む。対する三沢は、酸素・水素の小型ドラゴンをベースに、化合して水属性の強力な「ウォーター・ドラゴン」を召喚する…。

攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦する。十代は翔に「お前ならできる」と励まされて、少しずつ自信を取り戻す。魔法カード「シールドクラッシュ」で、ゲートガーディアンを破壊する。だが迷宮兄弟は、自らのライフを半分支払う決死の覚悟で、さらに強力な攻撃力3800の「ダーク・ガーディアン」を喚ぶ。さらにピンチになる十代＆翔コンビに勝機はあるのか…？

学園残留をかけた十代＆翔VS迷宮兄弟の決闘が始まる。迷宮兄弟は、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋だ。迷宮兄弟は数ターンのうちに「雷魔神」「風魔神」「水魔神」を召喚し、融合して「ゲート・ガーディアン」を召喚する。十代は迷宮兄弟とのデュエルを楽しむが、翔はヤル気と不安が入り交じって、攻撃が裏目に出る。

引きこもりがちの隼人を、父・熊蔵が学園に乗り込んで実家に連れて帰ろうとする。隼人VS熊蔵の決闘。世界的にも高名なデュエリストである熊蔵の一撃必殺のデッキは、なんと「酔いどれデッキ」だった。唖然とする一同。隼人は「コアラ」系モンスターで対抗する。熊蔵の酔いどれモンスターは、見た目に反して手ごわい。そして一撃必殺の永続魔法「ちゃぶ台返し」が爆裂する…。

十代は、翔の心の傷を知るために、兄であり、カイザー（帝王）の異名を持つ強豪デュエリストの亮に挑む。十代VS亮の決闘。亮の「サイバードラゴン」を基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがある。互いに認め合う。帝王・亮に対して善戦する十代を見て、落ち込んでいた翔の中で何かが吹っ切れる…。

幽霊寮への侵入がばれて、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学にされる。十代は翔を励ますが、翔は自信が持てない。翔を特訓するデュエルが始まる。翔のデッキは乗り物系だ。十代は、翔があるカードを引いたときに、表情が一変したのを見逃さなかった。それは「パワーボンド」という超強力カードだが、翔はかつての苦い経験から、それを使うことができない…。

タイタンのダイスは当たり続け、十代は追い込まれて、体がさらに消えていく。やがて十代は意識を失いかけるが、ハネクリボーの声に呼び覚まされる。タイタンのカラクリを見破り、偽・闇のゲームは終了したかに見えたが…。本当の闇のゲームが発動し、闇にとりつかれたタイタンとの決闘になる…。そしてもう一人、ハネクリボーの声を聞く者がいた。

十代たちは、生徒が次々に消えたと言い伝えられる幽霊寮に行き、明日香の兄の手がかりを探そうとする。十代たちの前に怪しい風貌の男タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。クロノスが雇った「自称・闇のデュエリスト」だった。十代VSタイタンの決闘。タイタンのデッキは闇のゲームを髣髴させるダークで危険なものだ。十代のライフが減るとき、体の一部も消える。本当に闇のゲームなのか…!?