万丈目の前に、神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードをテーブルに伏せたままにし、万丈目にデッキをシャッフルさせて、引いたカードによって万丈目の運命を見通すという、まさにタロットのような戦い方だ。「ザ・ハングドマン（吊るされた男）」は正位置か逆位置かによって、まったく逆の効果を発揮する。…運命を絶対とする斎王と、運命を自ら切り開く万丈目の対決になる。

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十代はエドに負けて、カードが白紙にしか見えなくなる。　一方、クロノスたちの命を受け、吹雪が、妹の明日香とデュエルする。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビを組んで芸能界デビューしたい。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身動きがとれず、攻撃時は元の攻撃力のままという効果で役に立たない。明日香は儀式モンスター｢サイバーエンジェル」シリーズで対抗する。

エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、不気味に運命の時を刻む。さらに「Ｄヒーロー」シリーズのモンスターを次々と召喚する。それはディスティニー（運命）に導かれた、Ｅヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由に操るという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされ、復活した時には敵に操られて攻撃を受けるコンボに苦しむ。ついに時計塔に幽閉されいていたＤヒーローが現れる。

どちらが真のヒーロー使いか決着をつけよう ～十代VSエドのデュエルが始まる。十代はフレイム・ウィングマンで先制攻撃をする。すぐにエドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちをしかける。さらに戦いは、シャイニング・フレア・ウィングマンＶＳシャイニング・フェニックスガイの上級融合Ｅヒーローの戦いになる。エドは、能天気にヒーローに憧れる十代を認めない。

プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド・フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは違うカードや戦術を持ち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。カイザーはサイバードラゴン系で迎え撃つ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思う。ついにカイザーはパワーボンドで強化したサイバーツインドラゴンで王手をかけるが…。

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことが条件だ。翔は怯えるが、十代たちの言葉にヤル気を出し始める。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦う。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト・プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。翔は「パワーボンド」をあえて使わずに戦い、3体のビークロイドを合体させて「ジャンボドリル」を召喚する。

イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

万丈目は、中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする。かつては中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使う万丈目を、新入生は落ちぶれたと言う。万丈目は、XYZコンボで格好よく先制攻撃をするが、「ギルフォード・ザ・レジェンド」などの戦士族デッキに反撃される。しかし万丈目は動じず、この１年間の集大成を見よ！とばかりに、「メカおジャマキング」を使う…。

十代たちは2年生に進級する。おとなしそうな新入生が十代とデュエルする。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも「大天使ゼラート」で、十代のＬＰを1200までに下げる。デュエル中に携帯電話で謎の男と話して、このデュエルが男の予言通りで面白みのないものだと実感する。翔たちは、新入生が著名なスターデュエリストのエド・フェニックスであると気づく…。

十代は、強化したサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP＝100で食い止める。空腹の十代はオニギリを食べて、本来の自分らしさを取り戻す。そして地水炎風の４属性のEヒーローを揃えて、罠カードでカイザーのフィールドを一掃する。だがカイザーは再び強化サイバーエンドを召喚し、さらに「リミッター解除」で攻撃力を16,000に引き上げる。「融合」を得意とする２人の戦いのスケールが極限に達する…。

学園トップのカイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名する。十代ＶＳカイザー亮のデュエル。気負った十代は普段よりも周到になり、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。だがカイザーは１ターン目からサイバーエンドドラゴンを融合召喚する。致命ダメージは避けるが、カイザーの巧みな融合と解除により、十代は主導権を奪われる。ついにパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）を召喚される。