イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

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重いデュエルが続いて十代は落ち込んでいる。ハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れる。「ブルーアイズ」のカードが十代と戦いたがっている、と言う。十代ＶＳカイバーマンの決闘。海馬瀬人のデッキそのものだ。ブルーアイズ、白龍の聖騎士の前に、いつしか十代は本気のデュエルをする。ついにアルティメットが召喚される…。

十代は吹雪から闇のアイテムを受け取り、カミューラに決闘を挑む。復活した十代VSカミューラの決闘。十代はテンペスター（攻撃力2800）を召喚する。カミューラは「幻魔の扉」で、明日香たちを生け贄にしようとするが、十代の闇のアイテムに妨げられる。自らを生け贄にして、テンペスターを奪い、十代のライフを一気に1200まで下げる。十代のデッキを盗み見ていたカミューラに、十代の戦略は通じない…。

クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手に、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。カイザー亮VSカミューラの決闘。カイザーは序盤から容赦なく、パワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）で攻撃するが、亮のデッキを知り尽くしたカミューラにかわされる。カイザーは「サイバーバリアドラゴン」「サイバーレーザードラゴン」と多彩な攻撃で、カミューラを追い込む。だがカミューラは魔法カード「幻魔の扉」を使うとき、闇の力によって卑怯な戦法に出る…。

2人目の刺客として、美しくも不気味なヴァンパイア女「カミューラ」が上陸する。十代は前回勝ったが、闇のゲームで体力を消耗したために安静中。クロノス教諭は本当は逃げたかったがドジって、クロノスVSカミューラの決闘となってしまう。クロノスは「アンティーク・ギアゴーレム」を頂点とした中世デッキで挑む。カミューラは「ヴァンパイア・ジェネシス」などのヴァンパイア・デッキで迎え撃つ。負けると人形にされる闇のゲームが始まる。

LPは早くも700VS3000で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の７体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが…。

十代たちは、７人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある３枚のカードを守るために、校長より７つの鍵を渡される。１人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。

十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を建て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない…。

大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷－ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。

万丈目のアームド・ドラゴンはレベル７（攻撃力2800）になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームド・ドラゴンLV７を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。

アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。