イエローの１年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元・番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック・ワールド」で、恐竜族・鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超・進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」（攻撃力2900）に進化させ、十代を脅かす。

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万丈目は、中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする。かつては中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使う万丈目を、新入生は落ちぶれたと言う。万丈目は、XYZコンボで格好よく先制攻撃をするが、「ギルフォード・ザ・レジェンド」などの戦士族デッキに反撃される。しかし万丈目は動じず、この１年間の集大成を見よ！とばかりに、「メカおジャマキング」を使う…。

十代たちは2年生に進級する。おとなしそうな新入生が十代とデュエルする。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも「大天使ゼラート」で、十代のＬＰを1200までに下げる。デュエル中に携帯電話で謎の男と話して、このデュエルが男の予言通りで面白みのないものだと実感する。翔たちは、新入生が著名なスターデュエリストのエド・フェニックスであると気づく…。

十代は、強化したサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP＝100で食い止める。空腹の十代はオニギリを食べて、本来の自分らしさを取り戻す。そして地水炎風の４属性のEヒーローを揃えて、罠カードでカイザーのフィールドを一掃する。だがカイザーは再び強化サイバーエンドを召喚し、さらに「リミッター解除」で攻撃力を16,000に引き上げる。「融合」を得意とする２人の戦いのスケールが極限に達する…。

学園トップのカイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名する。十代ＶＳカイザー亮のデュエル。気負った十代は普段よりも周到になり、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。だがカイザーは１ターン目からサイバーエンドドラゴンを融合召喚する。致命ダメージは避けるが、カイザーの巧みな融合と解除により、十代は主導権を奪われる。ついにパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン（攻撃力8000）を召喚される。

隼人は、絵がうまく、Ｉ2社のカードデザインコンテストで優勝する。だがクロノス教諭との試験デュエルに勝たなければ、希望するカードデザイナーになれない。隼人ＶＳクロノスの決闘。隼人にプレイミスはなく、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負をするが、次第にアンティークギアゴーレムに圧倒されて、くじけそうになる。一年前のオーストラリア旅行での決心を思い出し、魔法「エアーズロック・サンライズ」で逆転を狙う…。

十代に立ちはだかる２体の幻魔の攻撃力は5000と4000。さらに第３の幻魔「幻魔皇ラビエル」（攻撃力4000）も召喚される。影丸の狙いは十代をも取り込んで、デュエルモンスターから永遠の生命を得ること。十代はLPが600に下がる。だが大徳寺が残した謎のカードに願いをかけ、シャイニングフレアウィングマンの融合と解除を巧みに使って、ピンチをしのぐ。エリクシーラーにそのカードを装着して、一気に逆転を狙う。

理事長の影丸老人が七精門の鍵を奪い、「三幻魔」のカードを手中にする。十代ＶＳ影丸老人の決闘。影丸は、第１の幻魔「神炎皇ウリア」を召喚する。攻撃力は墓地の罠カードの数×1000で、相手の罠を跳ね返す。十代はウリアを破るが、その度に簡単に復活される。さらに第２の幻魔「降雷皇ハモン」（攻撃力4000）が召喚され、十代は２体の幻魔を前に、苦しい状況になる。影丸は幻魔を通じて、デュエルモンスターの精気を得て、若い肉体になる。

万丈目は明日香への恋心が抑えられなくなる。吹雪にそそのかされて、七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要する。万丈目ＶＳ明日香の恋を賭けた決闘。万丈目は「恋文」「秘めた思い」のカードを使いつつ、勝手に恋の誇大妄想をする。おジャマトークンとおジャマキングで明日香のモンスター召喚を封じて勝利をつかみかけるが、「恋に勝つこと」を優先して、好機を逃す。明日香は「サイバーエンジェル」で逆転を狙う。

アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体もまた大徳寺であった。この姿は錬金術の力で人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオス、双子の太陽等を使い、舞台を太陽系宇宙に変える。構成する惑星には、明日香、万丈目、吹雪が閉じ込められていた。十代は惑星直列の攻撃を受ける。ついに三つ子の太陽（攻撃力3900）が現れる…。

七精門の６つの鍵が開く。十代は廃寮に行き、大徳寺のミイラ死体を見つける。最後のセブンスターズ「アムナエル」が現れる。十代ＶＳアムナエルの決闘。敵は錬金術の考え方をベースにしたデッキだ。十代は多彩な属性のＥヒーローで攻撃する度に、永続罠「エレメンタル・アブソーバー」に無効化される。さらに錬金釜カオス・ディスティルから次々とモンスターが現れ、ダイレクトアタックを仕掛けてくる。