三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…。

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明日香に密かに想いを寄せるクイズ王の神田は、明日香と口論している十代に出くわし、デュエルを挑む。神田はクイズデッキを使い、永続魔法「クイズアワー！」を発動させる。すると人格が変わったように明るくなり、十代が攻撃するたびにクイズ司会者のごとく、問題を出す。十代は体力勝負の問題はクリアするが、デュエルの知識問題はことごとく外し、LPが下がる…。

レッド寮に転校生の美少女アリスが現れる。剣山はアリスに夢中になるが、不審に思った三沢は同名の謎めいたレアカードがあることを知る。その夜、十代はアリスがデュエリストを呪い、剣山を取り込もうとしていることを知る。十代ＶＳアリスのデュエル。アリスは攻撃力０の人形パーツを次々と召喚し、ちぐはぐに合体させた人形「ドールキメラ」を召喚する。ドールキメラは攻撃を受けるごとに、そのパーツを増やして、どんどん攻撃力を上げていく…。

美寿知は２体の「魔鏡の式神」を生け贄に、戦闘では破壊されない無敵の「闇の神－ダークゴッド」（攻撃力3000）を召喚する。さらにフィールド魔法「無限の降魔鏡」で合わせ鏡に映して、１０体のダークゴッドを場にそろえる。負け試合を覚悟したエドに対して、十代はいまだ熱い闘志を持つ。新たなネオスペーシアン「ブラック・パンサー」を召喚する。

十代とエドは、美寿知の導きで、バーチャル空間に入る。十代＆エドＶＳ美寿知の変則タッグデュエルが始まる。美寿知は「鏡」を使い、自分をもう一人出現させる。翔たちを救いたい十代、ナンバー１であることを証明したいエド、と２人の思惑は異なり、連携プレーもうまくいかない。「聖なる結界－ミラーバインド」は合わせ鏡のようにモンスターを無限に映し出し、十代たちのモンスターを破壊する。そして場の「月輪鏡」に映る満月はモンスターが破壊される度に、すこしずつ不気味に欠けていく…。

斎王の妹・美寿知（みずち）に戦力外通告をされた岩丸は十代を倒そうと躍起になる。十代の顔がわからずに途方に暮れている時、レッド寮のキャンプに合流する。十代と岩丸はお互いに正体を知らないが、仲良くなる。いざ友好的にデュエルをしようとした時、互いが憎むべき存在であることが分る。「地帝グランマーグ」（攻撃力2400）をベースに、４帝の力を合わせた「デミウルゴスＥＭＡ」を召喚し、攻撃力4900に達する…。

雷丸と氷丸は互いに仲が悪いが強力で、翔と剣山のＬＰは早くも1000を切る。剣山の恐竜モンスターは、氷丸の氷デッキと相性が悪く、また翔の乗り物モンスターは、雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。だが口ゲンカをしていた翔たちは、十代に迷惑がかかると知った時、団結し始める。

アカデミアの生徒一行は修学旅行で童実野町に行く。武藤遊戯や海馬瀬人を輩出したデュエルの聖地だ。十代たちは、武藤遊戯の生家を訪ねて双六爺さんに出会う。町を散策中に双六がさらわれ、追っていた翔と剣山は背中合わせのまま、光の結社の２人の刺客～雷丸と氷丸のコンビにタッグデェエルを仕掛けられる。剣山の恐竜モンスターは、「氷帝の城」にパワーダウンし、先制攻撃を受ける。

十代は修学旅行の行き先を決めるため、斎王たちの代表の少女ローズとデュエルする。彼女のデッキは、カエルデッキだ。序盤から、「悪魂邪苦止（おたまじゃくし）」を墓地にためて、３体の「デスガエル」（攻撃力1900）を召喚し、魔法カード「死の合唱」で十代のモンスターを全滅させてダイレクトアタックを決め、十代に致命的なダメージを与える。さらに３体を融合して「ガエル・サンデス」を召喚する。十代はカエルにこだわるローズを不思議に思う…。

斎王は、タロットで見通した「なびかぬ力」を確かめるために、アカデミアに乗り込んでティラノ剣山にデュエルをしかける。斎王のタロットデッキは、カードの「正位置」「逆位置」で運命が反転する。剣山は恐竜デッキで対抗し、一時はリードしてるかに見えたが、斎王はそれすらも見通していたようだ。斎王は「なびかぬ力」の象徴である「ストレングス」の正・逆位置の効果を巧みに使い、剣山を追いつめる。

白の結社から強豪プロデュエリスト「エックス」が送り込まれ、十代とデュエルする。エックスの戦法は「デッキ破壊」で、その独特の戦術は初対戦で勝つことは難しい。エックスの戦術にはまり、十代は大量のカードを墓地に送られてピンチになる。一時はグローモスで突破口が開けるかに見えたが、エックスにかわされる。次第に、心理的にも、デッキのモンスターとの信頼感をも揺るがされる…。