三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…。

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2人目の刺客として、美しくも不気味なヴァンパイア女「カミューラ」が上陸する。十代は前回勝ったが、闇のゲームで体力を消耗したために安静中。クロノス教諭は本当は逃げたかったがドジって、クロノスVSカミューラの決闘となってしまう。クロノスは「アンティーク・ギアゴーレム」を頂点とした中世デッキで挑む。カミューラは「ヴァンパイア・ジェネシス」などのヴァンパイア・デッキで迎え撃つ。負けると人形にされる闇のゲームが始まる。

LPは早くも700VS3000で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の７体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが…。

十代たちは、７人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある３枚のカードを守るために、校長より７つの鍵を渡される。１人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ・ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。

十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を建て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない…。

大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷－ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。

万丈目のアームド・ドラゴンはレベル７（攻撃力2800）になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームド・ドラゴンLV７を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。

アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。

格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目ＶＳノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?

十代を排除したいクロノスは、最終兵器（？）として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代ＶＳ茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。

「融合」を三沢に封じられた十代は、Ｅヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン（攻撃力2600）に、フィールド魔法「摩天楼」でＥヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいＥヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。