BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

医療監房への部外者の侵入を防ぐために用意された“木札”が何者かに盗まれたことがわかり、看守たちによる犯人探しが始まった。囚人たちは犯人が見つかるまで監房に閉じ込められ、同房に犯人がいた場合、連帯責任として各々懲罰房に送られることになる。もしもそんなことになればコクリと引き離され任務に支障が出かねないが、事件の経緯からミツキが、犯人が同房にいる可能性が高いことに気づき……!?
刻一刻と捜索の手が迫る中、ボルトたちは、看守より先に犯人を見つけ出すことができるのか!?

コクリを守るため、何とかしてコクリと同じ監房に入ることができないかと考えるボルトたち。ところが看守長のベンガにそれを阻止されてしまう。困ったボルトたちは交渉材料にするため何かベンガの弱みを握ろうと、囚人たちを仕切る“牢名主（ろうなぬし）”ドラグから情報を得ようとするが、ドラグは情報を与える代償として、ボルトたちに“根性試し”をさせることにする。それはこれまで何人もの囚人が挑戦し、無事だった者はいないという危険なものだった。

“草隠れ（くさがくれ）の里”が管理する脱獄困難な刑務所“鬼灯城（ほおずきじょう）”。　この“鬼灯城”に、何とボルトとミツキが送られることになった。ふたりはそこで凶悪な盗賊集団“狢（ムジナ）強盗団”を裏切って逃げ出した元メンバーのコクリと接触し、彼を“狢”の刺客から守る任務につくことになる。サラダも正体を隠してあとから合流。第七班による護衛任務が始まった。
罪人だらけの監獄で、ボルトたちは無事に任務を成功させることができるのか!?

いのじんが、母のいのが使う“心転身の術（しんてんしん　の　じゅつ）”を使いこなせるようになろうと考え両親に相談。チョウチョウにも手伝ってもらい、早速修業をすることになる。父のサイも見守る中、母との修業を開始したいのじん。だが、自信のなさもあってかうまく術をかけられず母をいらだたせる。見かねた父がなだめようとするものの母のいらだちはおさまらず、ついには夫婦ゲンカへと発展!?　何とかしようと焦るいのじんにチョウチョウがかけた言葉とは？

第四十班（だいよんじっぱん）として日々任務に励む呉越（ごえつ）ドウシュ、糸井（いとい）つる、鬼熊（おにくま）えんこは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。その中のひとり鬼熊えんこは、幼い頃に呼び寄せた口寄せの獣にとりつかれたことですさまじい力を発揮できるようになった。ところが最近その力をうまく制御できなくなり、任務にも支障が出始める。そんな第四十班のところに、“拷問・尋問部隊” 隊長、森乃（もりの）イビキが現れ班の解散を伝えると、えんこには、今後イビキの下で任務を行うように告げる。

ボルトの祖父ヒアシの誕生日が近づき、身近な家族でお祝いをすることになった。孫としてプレゼントを用意することになったボルトだが、どんなものなら祖父が喜んでくれるのかがわからない。仕方なく日向家を訪ね、見つからないようにこっそり情報を集めようとするボルト。そこに、「木ノ葉にて最強」と言われる日向一族で当主をつとめるヒアシに勝負を挑もうと、腕自慢の男が現れる。だがヒアシは、臆病者と言われてもなぜかこの勝負を避け、ボルトは、そんな祖父の考えていることがますますわからなくなってしまう。

スミレが、念願だった“科学忍具班”に行くことになり、ワサビとなみだだけになった第十五班に新しいメンバーが入ることになった。そのメンバーとは、“侍（さむらい）”と呼ばれる者たちが暮らす“鉄の国（てつ　の　くに）”から来た少女、鉄（くろがね）ツバキだった。ツバキは、忍者は侍と違って誇りも信念も持たない者たちだと考えていて、忍者を見下していたが、これに対しワサビは、「忍者にも信念はある」と反論。第十五班は険悪なムードになってしまう。

ウラシキとの死闘を終え、ボルトとサスケが、本来いるべき場所へと帰るときがやって来た。ともに戦った自来也や少年時代のナルトとの別れを惜しむボルトだが、そんな中、自来也は、サスケにあることを依頼する。
そして、ボルトとサスケは再びときを越え、見慣れた木の葉隠れの里へと帰還する。　少年時代の父ナルトとその偉大な師匠、自来也と出会い、知ることのなかった彼らの思いに触れたボルトは何を思うのか？

ボルトの機転で、ウラシキの「未来を見通す」カラクリは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが安堵したのも束の間、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに！　これまでの戦いでの疲労も激しい中、ボルトたちは、圧倒的な力を持つウラシキを倒し、ナルトが秘める“九尾”のチャクラと“忍界の未来”を守ることができるのか!?

“九尾”のチャクラを狙うウラシキから少年のナルトを守るため、再び激闘を繰り広げるボルト、サスケ、自来也。だが四人は、「未来を見通せる」と豪語し、どんな攻撃でも見切ってしまうウラシキに追い詰められることになる。そんな中、身を呈してナルトを守ったサスケのおかげでボルトたちは辛くもウラシキから逃れるが、そのままサスケの行方がわからなくなってしまう。そのサスケを偶然見つけて助けたのは、サスケの手がかりを探す少女のサクラだった。