BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

掌に「楔（カーマ）」と呼ばれる奇妙な印を持ち、「殻」から「器」と呼ばれる謎の少年・カワキ。その処遇について“五影（ごかげ）”が話し合い、カワキの身柄は正式に、七代目火影・ナルト監視の下、木ノ葉隠れの里が預かることになった。　早速カワキを家に連れて帰るナルトだが、心を開かず、自分の名前も言わないカワキに困り顔。さらに、ひと悶着あったボルトとカワキが顔を合わせることになり、ふたりの間には険悪なムードが流れ……。

七代目火影・ナルトによって、カワキの身柄は木ノ葉隠れの里へと移された。意識を失って倒れたカワキだが、そんなカワキを幼い頃の“悪夢”が苦しめる――。
幼い頃、父親からひどい暴力を受けながらも、必死で生きていたカワキのもとに、ある日、ひとりの人物が現れた。その人物こそ「殻」のリーダー・ジゲンだったが、この出会いによってカワキは、さらなる苦しみを味わうことになるのである。

大ケガを負ったまま先端技術研究所から逃げ出したカワキ。“竜胆（りゅうたん）”の研究所を出て繁華街へと辿り着いたカワキは、消耗した体力と空腹を補うため、何とかして食べ物を手に入れようとしていた。そこに、カワキの行方を探していたスミレが”鵺（ぬえ）”とともに現れる。スミレは傷ついたカワキのからだを心配するが、カワキは相変わらず敵意をむき出しにしたまま。そんなカワキにスミレは、自身の身の上について話し始める。

ボルトたちが、再び気を失ったカワキを連れ先端技術研究所へと戻って来た。手当てを受けることになったカワキを、研究所で働くスミレが親切に世話するが、カワキはそんなスミレにも敵意を見せ、ついには研究所からの脱走を企てる。
一方、一足先に里に帰った木ノ葉丸から今回の任務の報告を受けた七代目火影・ナルトは、カワキと「殻」の関係が気になり、直接カワキから話を聞くため自ら先端技術研究所に赴くことを決める。

「器」と呼ばれる少年・カワキを連れ帰ろうとする「殻」のアウター・我婁（ガロウ）とカワキの戦いが始まった。全身に科学忍具を装着した我婁と、様々な形状に変化する自らの腕を使いこなすカワキの戦いを呆然と見つめるボルトたち。激しい戦いが続く中、すでに消耗していたカワキは徐々におされてゆき、ついには捕らえられしまう。だがそのとき、カワキのからだに異変が!?　そして、これに“共鳴”するかのようにボルトの身にも再び異変が起き……!?

ボルトの身に起きた異変に興味を持った居士が一旦撤退。何とかその場をしのぎ切ったボルトたちが里に帰る途中、気を失って倒れている謎の少年・カワキを見つけた。その掌にボルトと同じような奇妙な“印”があるカワキの素性が気になるボルトたち。だが目覚めたカワキは敵意をむき出しにし、一触即発の状態に。慌てたボルトがとっさに自身の掌の“印”を見せ、これを見たカワキの言葉から、それが「楔（カーマ）」と呼ばれるものだと知ることになる。

青との戦いを終えたボルトたちの前に、「殻」のメンバー果心居士が現れた。“封印術”でボルトたちを拘束した居士は、任務遂行のために全員を葬り去ろうとするが、木ノ葉丸が術を解き一対一の戦いに突入。激闘の末、切り札の螺旋丸を繰り出す木ノ葉丸に対し、なぜか居士も螺旋丸を使って術を相殺。限られた者しか使えないはずの螺旋丸を使う相手に驚く中、居士の次の攻撃によって木ノ葉丸は絶体絶命の状況に追い込まれてしまう。この危機を目にし、ボルトの掌の“印”に、突然、異変が起きる!!

互いに決着をつけようとする第七班と青の戦いが始まった。第七班は連携し、澱みない攻撃を仕掛けるものの、もともとが手練れな上に科学忍具を巧みに使う青を倒すのは簡単なことではない。これに対抗するためボルトも科学忍具を利用。やっとのことで追い詰めたかに見えたが、青にはさらなる奥の手があった。
“忍（しのび）”であった己を捨て、“科学忍具”という新たな力に溺れる青に対し、あくまでも“忍者”として“己の力”で戦うことを選ぶボルトたち。果たして戦いの行方は!?

敵対することになった青の攻撃から逃れるため、捨て身の戦法に出たムギノのおかげでその場から撤退することができたボルトたち。だが、目の前で起こった様々なできごとにショックを隠し切れないでいた。そんなボルトたちにカタスケがさらに衝撃的な告白をする。
一方、取り逃がしたボルトたちを探す青の前には、「殻」のメンバーのひとり、果心居士（かしん　こじ）が現れる。心の中を探るかのような居士の言葉に青は？

任務中に消息を絶った木ノ葉丸とムギノの捜索のため、第七班が、カタスケや”忍犬（にんけん）”の茶丸（ちゃまる）とともに通信が途絶えた場所へとやって来た。ボルトたちはそこで謎の傀儡たちに襲われることなる。高度な科学忍具と思われる傀儡を相手にカタスケも科学忍具で対抗。傀儡が再び動き出さないようにしたボルトたちは、茶丸の案内で木ノ葉丸とムギノの居場所を突き止めることができた。そんな一同の前に、かつて霧隠れ（きりがくれ）の里の忍者であった青が現れる。