BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

任務でヴィクタの会社を偵察中の木ノ葉丸とムギノが、ヴィクタの会社に“谷の国（たに　の　くに）”の大名が査察に訪れるとの情報を入手。これを利用し、限られた人間しか立ち入ることができない研究施設の奥を探ることにする。
一方、修業を終えたボルトとサラダは、先日の人探し任務の依頼主・ミアのもとを訪れ、ヴィクタに連れ去られた研究員・アナトが持っていた指輪を届けるが、彼が亡くなったと聞きショックを受ける。

修業の反動で入院することになったボルトの見舞いにやってきたイワベエ、デンキ、メタルが、この病院に入院している少年、糸引（いとひき）ナットウと出会った。やんちゃで生意気なナットウに散々振り回された挙句、ある人物の“サイン”をもらってくるよう頼まれるイワベエたち。その人物とは誰もが恐れるあの忍者!?　最初は断ろうとする三人だが、ナットウが間近に大きな手術を控えていることを知り、何としてもサインを手に入れようと考える。

カカシの指導を受けながら、自分なりのやり方で螺旋丸を強化することに成功したボルトが、カカシの用意した相手と戦い、その成果を見せることになった。一方サラダは父サスケにかわり、母のサクラから実戦による修業をつけてもらうことになる。
固い決意を胸にこれまで懸命に修業を続け、それぞれに手ごたえを感じ始めていたボルトとサラダ。ふたりが積み上げてきた努力の結果は!?

修業に励むボルトのところにシカダイがやってきた。行き詰まりながらも必死で突破口を見つけようとするボルトだが、先日の任務でディーパと戦い、その恐ろしさを実感したシカダイからは再戦は無謀だと言われる。だがボルトは、そんなシカダイに強くなりたい本当の理由を話し修業に協力してもらうことになる。　一方、うちは一族特有の写輪眼を強化しようと考えるサラダは、父のサスケとの修業に取り組んでいたが、娘の身を心配する母のサクラと口論になってしまい……!?

シカダイ、いのじん、チョウチョウの第十班（だいじっぱん）が、砂隠れ（すながくれ）の里のシンキ、ヨド、アラヤと合同で任務を行うことになった。それは、以前シカダイが戦った大筒木一族の傀儡（くぐつ）の残骸を捜索、回収すること。任務のため”風の国（かぜ　の　くに）”へとやってきた第十班は、とある店に立ち寄ることにするが、シカダイはその店先ですれ違ったただならぬ雰囲気を漂わせる男のことが気になる。実はこの男こそボルトたちに重傷を負わせたディーパで、三人は店の中で恐ろしい光景を目にすることになる。

自分たちの力不足を実感し、もっと強くなるために修業を積むことにしたボルトとサラダ。ボルトは今使える最強の術”螺旋丸（らせんがん）”をより強力なものにしようと考え、螺旋丸が使えるもうひとりの人物カカシのもとを訪ね、サラダは父サスケの指導の下、”写輪眼（しゃりんがん）”を使いこなすためにそれぞれ厳しい修業を始める。
一方、正式に許可を取りヴィクタの会社を訪問していた木ノ葉丸とムギノは、ヴィクタの目的を知るために正面から挑むが……？

ディーパとの戦いで重傷を負ったボルトたちが里に帰ってきた。ボルトとサラダは医療班で、ミツキは大蛇丸（オロチまる）のもとでそれぞれ治療を受けることになるが、この戦いでディーパにまったく歯が立たなかったボルトとサラダは、悔しい思いを胸にある決意をする。
一方、事件のことを火影らに報告した木ノ葉丸は、さらなる調査をし、「殻」との関係を探るため、ヴィクタの会社を偵察させてくれるよう頼む。

何としてもディーパより先に霞の国の忍者の長兄・アサカに追いつきたいボルトたちが、やっとのことでアサカのもとにたどり着いた。だがボルトたちは、一足遅れて到着したディーパから不意に攻撃され、反撃するも、どんな攻撃も通用せず、驚異的な戦闘力を誇る相手に焦りを隠せない。そこになぜかヴィクタが現れ……!?
人探しの任務中にボルトたちが巻き込まれた一連の事件。原因となった柱間細胞を、ボルトたちは木ノ葉隠れの里へと持ち帰ることができるのか!?

ユウガの結界から抜け出したボルトたちだったが、今度は兄弟の次男・ヒルガに足止めされることになる。ユウガ同様、自分たちに与えられた任務のためならばどんな方法を使ってもやり遂げようとするヒルガの術によって動きを封じられてしまうボルトたち。術を解こうともがくボルトは、自らの命も顧みない兄弟の戦い方にとまどい、その理由を問い詰める。そんなボルトにヒルガが話したこととは……？

ボルトたちがついに本物の強奪犯、霞の国の忍者兄弟に追いついた。だがボルトたちは、兄弟のひとりユウガが禁術によって呼び出したバケモノとともに、強力な結界の中に閉じ込められてしまう。手当たり次第にチャクラを奪うバケモノに驚愕しながらも、これを倒して結界から抜け出そうと言うボルト。だがムギノから、特殊な術に対処できるかもわからない状況で、余計な戦闘は避けるべきだと一蹴される。