BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

何とかならず者たちから逃れることができた第七班とムギノが、強奪犯を追う途中、手練れぞろいの忍者の小隊と遭遇。お互いに事情がわからないまま一触即発の状況となる。緊張が走る中、木ノ葉丸が間に入り、彼らから、追跡中の犯人が“霞（かすみ）の国”の忍者であるとの情報を得ることができたボルトたちは、再び強奪犯の追跡を開始するが、そんなボルトたちの行く手にディーパが立ちふさがる。

俘囚城で起きた強奪事件に巻き込まれ、犯人にされたばかりか、黙の国のならず者たちから追われるハメになったボルトたち。何としても本当の強奪犯を捕らえたいボルトたちだが、次から次へと襲いかかってくるならず者に邪魔され真犯人を追うことができない。ボルトの機転で一旦は危機を脱したものの、トラブルによって取り囲まれ、ついにボルトたちは逃げ場を失ってしまい……!?

初代火影・千手柱間（せんじゅ　ハシラマ）のからだから採取され、生体エネルギーを爆発的に活性化させる力を持つが、扱いによっては危険なものとなる“柱間細胞（ハシラマさいぼう）”。　今回の事件に関係があると思われるこの柱間細胞が、黙の国の “俘囚城（ふしゅうじょう）”で暮らす大富豪の手元にあると知ったボルトたちは回収を計画するが、これを狙い、奪おうとする者たちがいた。さらに、先日ボルトたちが出会った医療メーカーの社長・ヴィクタと、謎の男・ディーパも怪しい動きを見せる。

ムギノの知り合いの医師・ユビナのもとにミツキを残し、事件の手がかりを求めて“黙（しじま）の国”にあるブラックマーケットへとやってきたボルトたち。だが黙の国は治安が悪く、忍者崩れの悪人たちが集まる無法地帯だった。少しの油断もできない中、最も危険な地域に店を構える情報通の店主のもとを訪れたボルトたちは、クセモノの店主が雇った用心棒と一戦交えたあと、何とか店主から情報を聞き出すことができたが……？

ボルトたちがようやく行方不明の研究員を見つけ出した。ところがその姿はすっかり変わり果て、自我も失っていた。力任せに暴れる相手と戦いながらも何とか無事に依頼主のもとに連れ帰りたいボルトたち。そこへ捜索隊を従えた医療メーカーの社長・ヴィクタが現れる。社長自ら捜索隊に同行し、この研究員を探していたのだ。そして研究員を拘束するとそのまま連れ去ってしまい、ボルトたちの任務は失敗に終わる。そんな中、さきほどの戦いが原因で、ミツキのからだに異変が起きる。

ボルトたち第七班に「行方不明になった医療メーカーの研究員を探す」という任務が言い渡された。だが依頼主は遠く離れた国に住んでおり、さらにこの研究員は、各地で医療技術に役立つ新しい材料を探すという仕事をしていて、知らない場所での人探しは困難と思われた。そんな第七班のために土地勘のあるムギノが案内役も兼ねて任務を補佐することになる。ムギノは長く遠征任務に出ていた上忍で、木ノ葉丸もよく知る人物。早速ムギノとともに任務を開始するボルトたちだが……？

狢強盗団の頭領・ショジョジから得た情報をもとに、サスケとサイが“雨隠れ（あめがくれ）の里”にある謎の組織「殻（カラ）」のアジトと思われる場所を訪れた。そこはかつて起きた事故のために今は立ち入り禁止となっている地下水路で、サスケとサイは早速、調査を開始しようとする。そんなふたりの前に「殻」のことを知る唐野（とうの）ガラシが現れ、ふたりはガラシの案内で、アジトの捜索、調査をすることになる。

父チョウジとの修業を終えたチョウチョウが、父子で甘味処へとやってきた。ところが小豆を使った甘味がすべて品切れという異常事態（!?）に見舞われる。実は最近、運搬中の小豆を奪って高額で売りさばく盗賊が現れるようになり、材料が手に入りにくくなっているというのだ。話を聞いたチョウチョウは大切な小豆を守るため、“忍者学校（アカデミー）”の恩師でスイーツ仲間のみたらしアンコと協力し、盗賊を捕らえようと考える。

ある雨の日、猫のミカヅキに導かれ、ミツキがケガを負ったひとりの男を助けた。どういうわけかミカヅキになつかれたその男は、木ノ葉隠れの里で働く妹に会いに来たと言い、ミツキとも親しくなる。そんな中、第七班が警務部から護衛任務の協力を頼まれる。護衛対象は「雨の殺人鬼（あめ　の　さつじんき）」と呼ばれる連続殺人犯に命を狙われている会社の社長。ところがなぜか社長は「身に覚えはない」と言い放ち、警務部の護衛を断ろうとする。

いろいろなことに興味があり、将来の夢がたくさんあるヒマワリが“忍者学校（アカデミー）”の一日体験会に参加することになった。集まった参加者は、シノたち先生の指導でさまざまな授業を体験するのだが、そんな中ヒマワリは、すでに将来忍者になることを決めている参加者の海苔巻（のりまき）エホウから、興味本位で体験会に参加したことを批判される。そして気まずい雰囲気のままエホウたちとグループを組み、簡単な任務体験をすることになるのだが……？