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収容施設から逃れてユウディアスと合流したマナブたちだったが、あと一歩のところでオーティスに見つかってしまう。デュエルでズウィージョウに勝てば見逃してやると言うオーティス。解放か、はたまた一生囚われの身か、皆の運命を背負いマナブが立ち上がる！

反乱分子収容施設に潜入したアサカたちだったが、そこにはザイオンが待ち構えていた。凋落の一途を辿るムツバ重機に対し、宇宙家具屋セツリはゴーハと手を組み、８８８億店舗を達成していた。アサカとザイオン、二人の社長が互いの理念を懸けてデュエルする！

新生オーティスを旗印に、世界的大企業へと変貌を遂げたゴーハ堂。そんなゴーハに与して世界に混沌と混乱を巻き起こそうとする者たちがいた。反乱分子をゴーハへの手土産にすべく、裏七星の衆、七星(ななほし)テンテンがユウディアスにデュエルを仕掛ける！

遊歩とユウナの企てを阻止するためにマナブたちは反旗を翻すが、作戦は失敗に終わり、地下労働施設へ送られてしまう。ダークドローンの監視下、巨大な装置の前で働かされるマナブたち。脱出方法を探っていたマナブとエポックは巨大装置の入口を発見するが…。

遊歩をオーティスにはさせまいと奮戦するユウディアス。遊歩の裏をかいたユウディアスのダイレクトアタックが決まったと思った次の瞬間、爆風の中からデュエルディスクを着けた遊飛が現れる！遊歩を退けてユウディアスに向かう遊飛は、強い決意を秘めていた。

遊歩がオーティスになるためのデュエルが始まろうとしていた。遊歩から対戦相手として指名されたものの、遊飛は、その気持ちを固められずにいた。そんな遊飛に代わり名乗りを上げるユウディアス！遊歩の計画を阻止するためにユウディアスが取った戦術とは…。

ついに死者蘇生を手に入れた遊歩。記憶を封印してまで自らオーティスになろうとする遊歩を止めたい遊飛だったが、ゼイエトの発した率直な意見に心を掻き乱されてしまう。「ダメだ！　こんなダサい格好のままじゃ！　遊歩とデュエルする前に服を買わないと！」

躍起になって死者蘇生を探すダークメンたち。しかし、ある予感を抱いたユウナは、単身アサカのもとを訪れる。ムツバカードプラントには、作業台で設計図を広げるアサカの姿があった。ユウナは、互いの『全て』を賭けたラッシュデュエルをアサカに持ち掛ける。

オショーユ、それは一滴かければオモチがとってもヤミーになる謎の液体…。一日一滴だけと厳しく言いつけるダークマイスターは怪しいと、サビュアスたちを煽るフカムラ。ダークマイスターを侮辱され怒りに震えるサビュアスが、フカムラにデュエルを仕掛ける！

ドローンに組み込む優秀な歯車が欲しいユウナは“上城ギヤカンパニー”へゼイエトを差し向ける。ルーグを操ってエポックを説得させようと、漫画インクにダークパワーを混ぜるゼイエト。しかし、思いがけずルーグのネガティブ的エネルギーを開放してしまい…。