三沢は、光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、弱いと思われているのかと焦る。自ら斎王に会い、デュエルで勝ったら島から出て行けと言う。斎王のかわりに万丈目が三沢とデュエルする。万丈目は新ユニオンモンスター３体を合体させ「アサルト・キャノン・ビートル」（攻2800）を召喚し、おジャマ達を弾丸のように使い、三沢のＬＰを1600にまで下げる。三沢の先を見据えた頭脳プレーはこの上を行っているのだが…。

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学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代ＶＳ三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで７番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Ｅヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。

十代の部屋に転入生の少年レイが加わる。だが風呂に入らなかったり、カイザーに執着を持ったりと不可解なことがある。レイがカイザーの部屋を物色した時、後を追った十代はレイの秘密を知る。十代だけがブルーの生徒に捕まるが、レイのことは言わなかった。秘密を賭けて、十代ＶＳレイの決闘が始まる。レイは「恋する乙女」など恋愛テイストのデッキだ。それはレイの気持ちを象徴していた。

十代は、遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に苦戦する。LPは既に1300VS4000。攻撃力2800の「混沌の黒魔術師」「ブラックマジシャン・ガール」「カオスソルジャー」などに圧倒される。精神面でも追い込まれた十代は、次第に平常心を失い、デュエルキングに勝つことはできない、とあきらめかける。だが、敵にはなく、自分のみが持つ強さにやがて気づく。

学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになった。だが前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれる。神楽坂はクロノス、翔を一瞬で破り、十代の前に現れる。十代ＶＳ神楽坂の決闘、それは十代ＶＳ遊戯デッキの決闘でもあった。神楽坂は、トップデュエリスト達のテクニックを研究し尽くしている。遊戯のデッキを卒なく使いこなし、遂にはブラックマジシャン等を召喚する。

十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、ここ数日、何者かに盗まれて、もうないと知る。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗む、とても「引き」の強い者のようだ。半ば野生化した元ブルーの生徒の大山（たいざん）を捕らえる。「引き」を強化するため、一年間、大自然の中で荒行をしていた男だ。十代ＶＳ大山の決闘。大山のデッキは「引き」のみに賭けた無謀で大胆なデッキだ。

深夜にオベリスクブルーの生徒が、謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が頻発する。クロノスは十代に犯人探しを命じる。ラーイエローの大原は、大きな男だが、おとなしくデュエルの腕もない。親友の小原は、デュエルの実力はありそうだが気が弱く、試合では負けてばかり。ブルーの生徒にバカにされても何も言えない。夜、犯人を追った十代が捕えたのは、大原だったが…。十代ＶＳ大原の決闘。

テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、バツとして、テニス部の熱血部長の綾小路にしごかれる。明日香と話していると、綾小路が勘違いをして、フィアンセの座をかけてデュエルで決着をつけようと言い出す!?十代ＶＳ綾小路の決闘。テニス一色の綾小路のデッキからは、伏せたカードの種類を当てさせ、外れたらライフを削る攻撃が炸裂する。テニスさながらの雰囲気でのデュエルに、十代は戸惑う。

冬休みでほとんどの生徒が帰省し、学園はひっそりとする。オカルトを研究している高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺の話では、その後、サイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生け贄にすべく狙っていると言う。十代は、消えた高寺を追って、まだ不完全な体のサイコショッカーの精霊とデュエルする。十代ＶＳサイコショッカーの決闘。サイコの永続魔法「エクトプラズマー」により、次々と十代のライフが削られる…そして、ついにサイコがデュエルでも召喚される。

行方不明の万丈目を探すうちに、人間の手によって改造されたデュエル猿（SAL）に出会う。SALは女子を人質にとり、脱走させろと主張する。十代はSALに、デュエルでハナシをつけようと持ちかける。十代VS SALの決闘。SALのデッキからは「怒れる類人猿」「アクロバットモンキー」の猿系モンスターが召喚される。だが「DNA改造手術」「野生解放」によって自らのモンキーが破壊される…あたかもＳＡＬ自身の未来を暗示してるかのように。

ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではNo.1クラスの優等生だ。十代は陽気で屈託のない三沢を好きになる。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場がそろそろ危うい。イエローNo.1新入生の三沢と学園残留を賭けてデュエルする。三沢VS万丈目の決闘。万丈目は炎属性デッキで挑む。対する三沢は、酸素・水素の小型ドラゴンをベースに、化合して水属性の強力な「ウォーター・ドラゴン」を召喚する…。