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デュエル時空は流転する。定められた結末に翻弄されながらも翁丁臼に立ち向かうユウディアスたち。引けるか！未来を変える１枚を…！遊飛の翼と遊歩の勇気が、ユウディアスと共に新たな時代を切り開く。まだまだ楽しい時間は終わらない！決闘者は、ここにいる

ついに始まる最終決戦！月面に降り立ち、翁丁臼にデュエルを挑むユウディアス、遊飛、遊歩。“平行宇宙”の己自身をも取り込んだ翁丁臼が、ユウディアスたちに牙を剥く！激戦が繰り広げられる中、ユウディアスの背後に召喚した覚えのないモンスターが現れ…。

翁丁臼の野望を打ち砕くために月へ向かおうとするユウディアスだったが、頼みのバリベルギャーは動けなくなっていた。ユウディアスの“大いなる成長”を知り、ユウディアスの力になることを誓い合う遊飛と遊歩。すると、眩い光が二人を包み、奇跡が訪れる…。

暴走した時空の扉が月へと昇っていく。時空の扉を追う翁丁臼に、月の上空でデュエルを挑むズウィージョウ。自らの秘められた感情に直面して困惑するズウィージョウだったが、マナブとの対話で戦士としての矜持を取り戻す。孤高の宇宙戦士が最後の闘いに臨む！

脱獄した翁丁臼を追っていたユウディアスたちは、浜辺でテンテンと話す翁丁臼を発見する。内通を疑うランラン、疑われたことが気に入らないテンテン、言い争いをする二人に、翁丁臼がデュエルを仕掛けてくる。表と裏、二人の七星がタッグデュエルで迎え撃つ！

近隣の村に背丈が八尺近くある巨大な妖怪が現れて子供たちを驚かせているという。その妖怪を探し、海岸を訪れたユウディアスたちは“八尺様”こと丘(おか)・サー・ファー子(こ)に遭遇する。侍嫌いのファー子が、遊飛を侍だと勘違いしてデュエルで襲い来る！

六葉山で発見された木製デュエルディスクの中に、一通の書状が隠されていた…。現代のアサカに向けて、戦国時代から手紙をしたためる遊歩。それは、デュエルの手順が記された挑戦状だった。時間移動機械の再稼働を懸け、アサカと遊歩が時空を越えて激突する！

翁丁臼は、デュエルで倒した相手を木製ロケットに乗せて月に送ろうとしていた。ロケットに押し込められる侍たちを目の当たりにし、ユウディアスは、翁丁臼にデュエルを挑む。翁丁臼の圧倒的な実力に追い詰められたユウディアスが、運命のカードをドローする！

ユウディアスたちにラッシュデュエルの力で平和を築いてきたと語る翁丁臼。しかし、竜宮昂螺司(こうらす)、竜宮不破厨(ふぁず)と名乗る兄弟が突如乱入し、領地を追われた復讐だとデュエルを仕掛けてくる。翁丁臼の家臣、黒き四武将が兄弟たちを迎え撃つ！

学玄の主君である翁丁臼(おうていうす)に話を聞こうと、その居城に向かうユウディアスたち。道中の森で、破壊された城に行き当たったユウディアスたちは、翁丁臼の領内を荒らしているという怪しげな集団と遭遇する。首領の“けだものの姫”が姿を現すが…。