BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

木ノ葉隠れの里への亡命の見返りとして、アマドから知っている情報を聞くことになった七代目火影・ナルトやシカマルたち。アマドは自身が果心居士と結託し、「殻」のリーダー・ジゲンを欺いていたことを告げると、ジゲンの本当の姿が遠い昔、大筒木カグヤとともにこの地にやって来た者・大筒木イッシキであることや、ボルトやカワキを悩ます楔（カーマ）がどのようなものであるのかなどについて語り始める。　そしてそれらの情報から明かされる“大筒木一族”とは!?

「殻」の主要メンバーで“研究開発技術部”を取り仕切っていたアマドが、シカダイを人質にとり、木ノ葉隠れの里への亡命を求めてきた。アマドは亡命の見返りに知っている情報の提供を約束。信用できない相手ではあるものの、シカダイの命がかかっていることもあり火影自らが交渉に応じることになる。
一方「殻」のアジトでは果心居士とジゲンが対峙。それぞれが互いの本心を探ろうと思案を巡らせていた。

何者かによって、木ノ葉隠れの里の忍者たちのデータが盗まれる事件が起きた。里の感知システムに異常がなかったことから、内部にスパイが紛れ込んでいる可能性もあると考え、里では警戒を強めるが、その犯人こそ、里に潜入中の果心居士だった。　そんな中、事件の話を聞き、シカダイ、チョウチョウ、いのじんが独自に犯人の追跡を開始。その途中３人は、やはり独自に事件を追っていたカカシと出会い、協力して追跡を続けるのだが、カカシでさえも「手練れ」と認める居士に振り回されることになる。

これまでジゲンら「殻」の幹部と接触があったにもかかわらず、いまだに組織の詳細をつかめていない木ノ葉隠れの里。そんな中ボルトたちが戦ったボロが、大筒木一族の術“無限月読（むげんつくよみ）”による救済を求める教団の教祖だったことがわかり、「殻」との関係を探るため、木ノ葉丸とサイに教団内部への潜入任務が下る。ふたりはそこで、ボロに選ばれ“神”のもとで働く弟が、数年ぶりで帰ってくるという女性と出会う。ところが、どういうわけか女性の弟は帰って来られなくなり……!?

カワキは、ボルトや自分自身の身に起こった異変への恐怖、そして、思った以上に楔（カーマ）が危険なものであることを実感し、「殻」がつけ狙う自分がいることで、木ノ葉隠れの里がさらに大きな危機にさらされると思い始める。これまで親切にしてくれたうずまき家の人々や、仲良くなった里の仲間たちをこれ以上危ない目に遭わせたくないカワキは思い悩むが、そんなカワキが偶然、おかしな行動をとるヒマワリの姿を目にして……？

新生第七班の攻撃で大きなダメージを受け、怒り狂うボロの反撃で再び全滅の危機に陥ったボルトたち。ところがボロの攻撃で気を失ったボルトの意識を乗っ取り、突然、大筒木一族のモモシキが甦る！　そして、驚くサラダ、ミツキ、カワキの前で凄まじい力を見せつけるのだった。こうして死闘の末、何とかナルトを救出し里へと帰ることができたボルトたち。だが、ボルト本人には記憶がないものの、戦いの最中にボルトの身に起こった異変に不安を募らせるサラダとミツキから話を聞いたサスケは!?

新生第七班の渾身の攻撃がボロを捉え、反撃は成功したかと思われた。だがボロは、バケモノじみた自らの再生能力を使って復活してしまう。ミツキの機転でボロが放出する“黒いモヤ”から身を守れるようにはなったものの、高い戦闘能力と不死身のからだを持つボロを倒す方法が見つからない。そんな中カワキは、ボロの再生能力を封じる唯一の方法をサラダに伝え、仲間とともに勝負に打って出る!!

ボルトとカワキの楔（カーマ）を使った“時空間忍術”で、ナルトが連れ去られた異空間へと辿り着いたボルト、サラダ、ミツキ、カワキの4人。そこでは、ナルトを封印した椀型の柩を監視する「殻」のボロが待ち構えていた。ナルトを救出するため、ボロに次々と攻撃をしかけるも、ボルトたちは、からだの自由を奪う謎の”黒いモヤ”を放出するボロに追い込まれてゆく。状況を打破するため一時撤退した4人は、新たにカワキを加え、サラダを隊長とした四人一組（フォーマンセル）による“新生第七班”を結成。反撃を開始する!!

突然現れた敵とともに、里長である七代目火影・ナルトが姿を消し、事態を重く見た火影の補佐役・シカマルが部下を連れてうずまき家を訪れた。カワキが「殻」のスパイである可能性を捨てきれないシカマルは、ナルトの失踪時にそばにいたカワキを疑い、しばらくの間、結界内で軟禁することを決める。しかし、カワキとすっかり打ち解けていたボルトは、シカマルの態度に腹を立て反発する。そんな中、譲られた義手を通して、自身とナルトを繋ぐチャクラを感じ取ったカワキは!?

ジゲンの能力によって異空間に連れ去られたナルトの前にサスケが現れた。ジゲンを「ヤバイ野郎」と呼び、この場で何が何でも倒さなければならない相手だと言うサスケ。ナルトとサスケはジゲンを倒すために協力し合い激闘を繰り広げるが、高い戦闘能力を誇り、不可解な術を使うジゲンに苦戦する。
一方、自身の楔（カーマ）の異変から嫌な予感を覚えたボルトは、ミツキとともに急いで自宅に帰るが、そこには、連れ去られたナルトの身を案じるカワキとサラダがいた。