基礎テストを終え、オレンジアカデミーに戻るリコたち。帰り道でアンと出会い、一緒に帰ることに！一方、フリードはルシアスの手記や、リコの祖母であるダイアナの冒険記を読み、テラパゴスの謎を探っていた。フリードが「テラパゴスの秘密について手がかりをつかめるかもしれない」と向かった先はとある企業で…？

ロイが謎の人物から聞いた「この世ならざるもの」を探すため、森を訪れたリコたち。恐る恐る進んでいく先で出会ったのはリコ、ロイ、ドットにそっくりな3人組！？そのトレーナーたちもどうやら「この世ならざるもの」に遭遇したようで…。果たして「この世ならざるもの」の正体とは！？

レポート作成のため、野生ポケモンの観察を続けるリコ、ロイ、ドット。カイデンは強風が吹くと上手く飛べない自分に苛立ち、ホゲータとも喧嘩をしてしまう…。夜、こっそりとテントを抜け出し、飛ぶ練習をするカイデン。カイデンがいないことに気づいたロイとホゲータはカイデンを探すが、そこにある影が忍び寄り…？

レポートの題材を探すため、野生ポケモンの観察や情報集めをするリコ、ロイ、ドット。リコは、ドットから「花ばしら」という不思議な現象を聞く。『「花ばしら」を見た者は 幸せになれる』と噂されているらしい…！レポートを書くため、ニャローテと一緒に「花ばしら」を探すことにしたリコ。しかし、ニャローテはなぜかご機嫌ナナメで…！？

いよいよナンジャモとの基礎テストに臨むことになったドットとクワッス！事前にナンジャモのバトルを研究し、作戦を立てて対策はばっちり…かと思いきや、タイプ相性の悪いハラバリーに苦戦してしまう。さらには予定外のハプニングも発生して…？ドットは無事、合格することができるのか！？

リコ、ロイに続き、最後に基礎テストを受けることになったドットは、担当ジムリーダーのナンジャモから、基礎テストを「ドンナモンジャTV」で生配信することを告げられる。撮影のリハーサルでロイとバトルをするドットだったが、カメラに緊張するあまり、クワッスとうまく連携がとれなくなって…！？

ロイのテラスタル研修・基礎テストの対戦相手は、コルサ！早くバトルしたいと意気込むロイだったが、ボウルタウンでは芸術祭が開かれており、準備で忙しいコルサに研修を後回しにされてしまう。そこに偶然通りかかったネモに誘われ、バトルをすることになったロイ。2人のバトルを見たコルサは、ロイの戦い方に思うことがあるようで…？

リコのテラスタル研修・基礎テストのため、リコ、ロイ、ドットの3人はセルクルタウンのジムリーダー・カエデの元へ！無事、カエデのいる「パティスリー ムクロジ」に着いたのだが、エクスプローラーズのサンゴも乱入してきて、なぜかスイーツ作り対決に！？リコとニャローテのテラスタル研修の行方は…？

テラスタルを習得するため、オレンジアカデミーで「テラスタル研修」を受けることになったリコ、ロイ、ドット！学校にはクラベル校長や理事長のオモダカ、パルデア四天王のチリ、ポピー、アオキ、ハッサクがいて…。テラスタルデビューを目指す3人の、パルデア地方を舞台にした冒険が幕を開ける！

エクスプローラーズの作戦により、ついに姿を現した黒いレックウザ！その強大な力を前に、圧倒されるリコとロイ。けれど、テラパゴスの、そして自分たちの想いを伝えるなら、今しかない─。ポケモンと冒険に出たあの日から、たくさんの出会い、経験をしてきたふたり…。その全てをぶつけるレックウザとのバトルが今、始まる─！！