いよいよドットのテラスタル研修・応用テストがスタート！バトルの相手はチャンプルタウンのジムリーダー・アオキ。基礎テストとは違い、応用テストは2体のポケモンを使うことが必要で…。ドットはクワッス、カヌチャンと力を合わせ、無事合格することができるのか─！？

ドットの応用テストのため、チャンプルタウンへやってきたリコたち。ナンデモ食堂というさびれた食堂で食事をすることに。近くの宝食堂が人気のあまり、お客さんがいないナンデモ食堂は、看板ポケモン・ドドゲザンの呼び込みもうまくいっていないみたいで…。そんなナンデモ食堂をリコたちがお手伝い─！？

フリードと一緒にクラベル、オモダカの元を訪れたリコたちは、テラパゴスの情報を教えてもらう。しかし、オモダカたちも「いにしえの冒険者」「ラクア」については何も知らないよう…。「あの方の方がご存じかもしれません」と紹介されたのは、オレンジアカデミーの歴史教師・レホールで…！？

交流戦ラストはリコ＆カエデVSチリ！四天王・チリとの対戦に緊張気味なリコ…。強敵を相手にニャローテとどう戦うのか─！？一方、迷子になったテラパゴスを探して校舎に向かったドット。そこで出会ったのは同じくオレンジアカデミーに通う生徒・ボタンだった…！

オレンジアカデミーに戻ったリコ、ロイ、ドット。基礎テストを終えた3人を待っていたのは、パルデア四天王との交流戦！それぞれ基礎テストを担当したジムリーダーとタッグを組み、四天王とバトルをすることに。ロイ＆コルサVSハッサク！ドット＆ナンジャモVSポピー！手に汗握るバトルの行方は─！？

基礎テストを終え、オレンジアカデミーに戻るリコたち。帰り道でアンと出会い、一緒に帰ることに！一方、フリードはルシアスの手記や、リコの祖母であるダイアナの冒険記を読み、テラパゴスの謎を探っていた。フリードが「テラパゴスの秘密について手がかりをつかめるかもしれない」と向かった先はとある企業で…？

ロイが謎の人物から聞いた「この世ならざるもの」を探すため、森を訪れたリコたち。恐る恐る進んでいく先で出会ったのはリコ、ロイ、ドットにそっくりな3人組！？そのトレーナーたちもどうやら「この世ならざるもの」に遭遇したようで…。果たして「この世ならざるもの」の正体とは！？

レポート作成のため、野生ポケモンの観察を続けるリコ、ロイ、ドット。カイデンは強風が吹くと上手く飛べない自分に苛立ち、ホゲータとも喧嘩をしてしまう…。夜、こっそりとテントを抜け出し、飛ぶ練習をするカイデン。カイデンがいないことに気づいたロイとホゲータはカイデンを探すが、そこにある影が忍び寄り…？

レポートの題材を探すため、野生ポケモンの観察や情報集めをするリコ、ロイ、ドット。リコは、ドットから「花ばしら」という不思議な現象を聞く。『「花ばしら」を見た者は 幸せになれる』と噂されているらしい…！レポートを書くため、ニャローテと一緒に「花ばしら」を探すことにしたリコ。しかし、ニャローテはなぜかご機嫌ナナメで…！？

いよいよナンジャモとの基礎テストに臨むことになったドットとクワッス！事前にナンジャモのバトルを研究し、作戦を立てて対策はばっちり…かと思いきや、タイプ相性の悪いハラバリーに苦戦してしまう。さらには予定外のハプニングも発生して…？ドットは無事、合格することができるのか！？