カントー地方にある全寮制の学校・セキエイ学園に入学した、パルデア地方出身の少女・リコ。初めてのポケモン・ニャオハをもらい喜ぶリコだったが、ニャオハは全然言うことを聞いてくれない…。ニャオハとの絆を深めようと奮闘するリコ。一方、リコが持つ「不思議なペンダント」を求め、彼女を探す怪しげな人物たちが現れて─！？