リコの祖母がいるガラル地方へ、いざ出発─！…と思いきや、飛行船の制御システムにトラブルが発生してしまう。システムが復旧するまでの間、ピクニックをすることにしたライジングボルテッカーズ。仲間とサンドウィッチづくりを楽しむリコだったが、飛行船に残ったドットのことが気にかかり…。

あらためて山火事の惨状を目の当たりにしたリコとロイ。リコは、そこで暮らしていた野生のポケモンたちのために、森を復活させようと思い立つ。ライジングボルテッカーズの仲間たちの力も借り、きのみを埋め、土を耕し、と奮闘するリコたち。その懸命な姿を見ていたオリーヴァに、ある異変が起こる！さらに、リコのペンダントが再び輝き出して…！？

コルサが黒いレックウザと遭遇したという森へ向かうリコとロイ。モリーも興味を持ち、同行することに。道中、3人は山火事の無残な痕跡を目にするが、目指す辺りはなんとか焼けずに残っていた。レックウザの捜索を始めるリコたちだったが、やがて3人バラバラになってしまう。そんな中、森に住むというオリーヴァにも動きがあり…！？

リコの父・アレックスの導きで、ボウルタウンのジムリーダー・コルサに会いにきたリコとロイ。ふたりはボウルタウンで、チャンピオンランクのトレーナー・ネモと出会う！ネモと一緒に、コルサの元を訪ねるリコとロイだったが、現在ジムは閉鎖中…！？コルサの身に一体何が…。

リコの家があるパルデア地方に到着したライジングボルテッカーズ。リコは、フリード、ロイと共に家に向かい、父・アレックスの出迎えを受ける。久々の我が家でくつろごうとしたリコだったが、図らずも「これからはずっと家にいて欲しい」というアレックスの本音を聞いてしまう。始まったばかりのリコの冒険は、ここで終わってしまうのか…！？

ライジングボルテッカーズの飛行船では、蓄えた食材が尽きかけていた。誰かがつまみ食いでもしているのか…！？仕方なく、食材補給のために手分けして買い出しをすることになったメンバーたち。一方、留守番係になったリコは、テキパキと洗濯や掃除の任務を完了。ロイから聞いた「とっておきの秘密」を覗いてみることに…！

空の旅を続けるライジングボルテッカーズ。リコとロイは、ポケモンバトルで強くなるため、キャプテンピカチュウの特訓を受けることに…！圧倒的な実力を持つキャップを前に、全く歯が立たないニャオハとホゲータ。しかし、キャップとの特訓を通じて、リコはあることに気が付いて─！？

リコとペンダントを狙うエクスプローラーズが島に上陸、ライジングボルテッカーズの前に立ちはだかる。リコとロイは協力し、ニャオハ、ホゲータのコンビネーションで善戦するものの、隙をついたアメジオとアーマーガアが迫り来る。その時、再び輝くリコのペンダント！そしてロイが持つ「いにしえのモンスターボール」にも異変が…！？

もう一度、ホゲータに会いたい─。そんな思いを胸に、ライジングボルテッカーズの飛行船にやって来たロイ。しかし不運が重なり、なかなかホゲータと会うことができない。迫る出航の時。ふたりは再会することができるのか…？そんな中、アメジオ率いるエクスプローラーズの潜水艦が飛行船に迫ってきていて─！？

故障によってカントー地方の離島に不時着することになったライジングボルテッカーズの飛行船。すると、船のポケモン・ホゲータがいつの間にかいなくなってしまっていた。ホゲータを捜すため、島に上陸するリコとニャオハ。一方、離島に住む少年・ロイは、島では見たことがない謎のポケモンを目撃して…！？