エンテイの居場所を掴むため、フリードの紹介でソーダヨという人物に会うことになったリコたち。サバンナに降り立つも、いきなりリキキリンに襲われてしまう！そんな中、突然現れた「真実のポケモンジャーナリスト」を自称する男・ソーダヨ。彼は、かつてライジングボルテッカーズのメンバーだった！？

再びてらす池を訪れたリコたちはリスタルと出会う。リスタルが語るかつてのエクスプローラーズの冒険譚。楽園・ラクアを目指した3人はどのようにして出会ったのか。そして彼らはラクアで何を見たのか─。今、はるかな時を超えて100年前の知られざる冒険が明らかになる─！！

リコの祖母・ダイアナが再び船にやってきた。リコの成長を確かめるため、ダイアナとウインディとバトルをすることに…！？そして、ダイアナから語られる、世界中をまわって新たに掴んだルシアスの秘密…。それは、ルシアスとエクスプローラーズの繋がり、そして、エクスプローラーズを作った3人の冒険者についてだった…！

ついに姿を現した六英雄のバサギリ！さらに、いにしえのモンスターボールからラプラスが飛び出してくる。2体の関係は一体…！？そして、リコたちの力を試すかのようにふるまうバサギリに、リコ・ロイ・ドットはバトルを挑む！！ 鍛え抜かれたバサギリの技─。リコたちの全力は通じるのか！？

キタカミの里で出会ったサザレが撮影した1枚の写真。それは、バサギリの写真だった！その写真は天狗山で撮ったものだと聞き、サザレと共に天狗山でバサギリ探索を始めるリコたち。しかし、野生のポケモンに襲われて、全員バラバラになってしまう…。果たして、六英雄のバサギリを見つけ出すことはできるのか─！？

てらす池にたどり着いたリコたちは、ブライアを見つける。リコが連れているテラパゴスを見たブライアは大興奮！！そんな彼女にテラパゴスのことを尋ねると、スカーレットブックを取り出し語りだす。それは、彼女の先祖・ヘザーのパルデアの大穴・エリアゼロでの冒険についてだった…。

ブライアがいると言われるてらす池を目指し、鬼が山を登るリコたち。その道中、いい鉄を見つけて喜ぶカヌチャンは、ハンマーを叩き出す。気づけば、カヌチャンのハンマーもずいぶんと大きくなっていて、感慨深くなるドット。そこに野生のオトシドリが現れて、カヌチャンの鉄を持って行ってしまって…！？

テラパゴスの研究をしているブライアに会うため、キタカミの里にやってきたライジングボルテッカーズ。里では収穫祭が行われており、お祭りに参加することに！フリードはお祭りで出会った少女・ゼイユのヤバソチャに興味津々。ロイとアチゲータは、屋台に置かれたとある機械を触ってしまう。すると、ふたりの中身が入れ替わって…！？

テラスタル研修を終えたリコたちは、復活したブレイブアサギ号に乗り、再び六英雄ポケモンを探す旅に出る！ライジングボルテッカーズのメンバー・ポケモンとの再会を喜ぶリコたちに、フリードが預かっていた「いにしえのモンスターボール」を返す。すると、中から六英雄たちが現れて、リコ・ロイ・ドットは六英雄とバトルすることに！？

オレンジアカデミーの危機を救い、改めて、応用テストの合格を告げられたリコ。そんなリコの研修生バトルの相手は…まさかのロイ！？出会ってから、お互いに助け合い、高め合い、成長してきたリコとロイ、そしてニャローテとホゲータ。四天王やジムリーダーも見守る中、これまでの冒険全てをかけたバトルが始まる！！