レックウザに導かれ、ラクアへと向かうリコたち。その頃アメジオは、スピネルの企みを探るため、エクシード社に潜り込んでいたが、警備員に見つかり捕らわれてしまう。そこにある人物が現れ…？100年前の祖父ギベオンとルシアスの因縁を知ることになるアメジオ…。彼が下す決断とは─！？

再びリコ、ロイたちの前に現れた黒いレックウザ！レックウザに認められるため、全員でバトルを挑む！地形を生かした連携プレイを仕掛けるが、圧倒的なパワーのレックウザに少しずつ追い詰められていき…。リコの願い、ロイの想い─。最後の六英雄との激闘の先に待つものとは─！？

エリアゼロにて、リコたちはエンテイを発見！しかし、普通のエンテイとはなんだか様子が違うみたいで…。リコ、ロイ、ドットはフリードの力も借りてバトルに挑むも、ほのおタイプのエンテイに有効なはずのわざも、いまいち効いていない！？一体なぜなのか…。リコたちはエンテイを攻略することはできるのか…！？

エンテイが目撃されたエリアゼロにやってきたリコたち。ブライアと共に、エンテイが目撃された場所へと移動する。一方、リコたちを尾行するサンゴは変わった姿のプリンと遭遇…！そして、怒り狂うパラドックスポケモン・イダイナキバに対抗して、タッグを組んで応戦することに…！？

さらなるエンテイの情報を求めパルデア地方に戻ったリコたちは、ポケモンリーグ委員長であるオモダカに会いに行く。パルデアの大穴・エリアゼロに立ち入る許可を求めるが、オモダカが出した条件はポケモンバトルで彼女に勝利することだった…！リコ、ロイ、ドットVSオモダカ！トップチャンピオンを相手に、リコたち3人はどう挑むのか─！？

エンテイの目撃情報を元に、群島にやってきたリコたち。辺りを探すも中々手がかりが見つからない。その日の夜、群島に突如として轟く咆哮！そして、海中から隆起する大地、噴き出す溶岩…！とうとう、伝説のポケモン・エンテイが姿を現す─！エンテイとの炎のバトルが今始まる！！

ランドウの故郷・アサギシティにやってきたリコたち。そこで、往年の映画スター・ギンジロウの熱烈なファンである釣り船屋のマモルと出会う。ギンジロウが出演した「VSサメハダー」シリーズへの熱い思いを語るマモル！ギンジロウの姿は、以前遭遇した海のヒーロー・マイティGとどこか似ていて…？

エンテイの居場所を掴むため、フリードの紹介でソーダヨという人物に会うことになったリコたち。サバンナに降り立つも、いきなりリキキリンに襲われてしまう！そんな中、突然現れた「真実のポケモンジャーナリスト」を自称する男・ソーダヨ。彼は、かつてライジングボルテッカーズのメンバーだった！？

再びてらす池を訪れたリコたちはリスタルと出会う。リスタルが語るかつてのエクスプローラーズの冒険譚。楽園・ラクアを目指した3人はどのようにして出会ったのか。そして彼らはラクアで何を見たのか─。今、はるかな時を超えて100年前の知られざる冒険が明らかになる─！！

リコの祖母・ダイアナが再び船にやってきた。リコの成長を確かめるため、ダイアナとウインディとバトルをすることに…！？そして、ダイアナから語られる、世界中をまわって新たに掴んだルシアスの秘密…。それは、ルシアスとエクスプローラーズの繋がり、そして、エクスプローラーズを作った3人の冒険者についてだった…！