ジガルデを使ってラクリウムを掘り起こそうとするギベオン。そんなギベオンの前にアメジオがやってくる。アメジオが祖父に語る言葉とは…。そして、溢れるエネルギーを目撃したリコたちも駆けつける。ラクリウムの採掘を止めようとするリコたち。その時、ラクリウムの結晶が砕け、中から現れたのは─！？

ラクアの中心地で、100年前に自身で張ったバリアを解除するパゴゴ。そこに突如として現れたのはエクスプローラーズ。ラクリウムを手に入れる為、彼らはバリアが解除されるタイミングを待ち構えていたのだ…！フリードＶＳスピネル、リコＶＳオニキス、ロイＶＳサンゴ、ドットＶＳアゲート─。ラクリウムを巡り、ラクアでの決戦が始まる─！！

ようやくクムリ山の山頂にある、ラクアに到達したリコたち。そこには豊かな自然とたくさんの野生ポケモンが穏やかに暮らす、まさに楽園のような光景が広がっていた！その様子に感動しながら、100年前のルシアスの痕跡を見つけるために探索をはじめる。しかし、そんなリコたちをあるポケモンが監視していて…。

レックウザに導かれ辿り着いたのは、天高くそびえる山。その麓にあるクムリタウンで、リコたちはラクアについての聞き込みを開始する。しかし、町で出会った少年・ユハから「町から出ていけ！」と詰め寄られてしまう。どうやら町には「黒いレックウザが現れると災いが起きる」という伝承があるらしく…！？

レックウザに導かれ、ラクアへと向かうリコたち。その頃アメジオは、スピネルの企みを探るため、エクシード社に潜り込んでいたが、警備員に見つかり捕らわれてしまう。そこにある人物が現れ…？100年前の祖父ギベオンとルシアスの因縁を知ることになるアメジオ…。彼が下す決断とは─！？

再びリコ、ロイたちの前に現れた黒いレックウザ！レックウザに認められるため、全員でバトルを挑む！地形を生かした連携プレイを仕掛けるが、圧倒的なパワーのレックウザに少しずつ追い詰められていき…。リコの願い、ロイの想い─。最後の六英雄との激闘の先に待つものとは─！？

エリアゼロにて、リコたちはエンテイを発見！しかし、普通のエンテイとはなんだか様子が違うみたいで…。リコ、ロイ、ドットはフリードの力も借りてバトルに挑むも、ほのおタイプのエンテイに有効なはずのわざも、いまいち効いていない！？一体なぜなのか…。リコたちはエンテイを攻略することはできるのか…！？

エンテイが目撃されたエリアゼロにやってきたリコたち。ブライアと共に、エンテイが目撃された場所へと移動する。一方、リコたちを尾行するサンゴは変わった姿のプリンと遭遇…！そして、怒り狂うパラドックスポケモン・イダイナキバに対抗して、タッグを組んで応戦することに…！？

さらなるエンテイの情報を求めパルデア地方に戻ったリコたちは、ポケモンリーグ委員長であるオモダカに会いに行く。パルデアの大穴・エリアゼロに立ち入る許可を求めるが、オモダカが出した条件はポケモンバトルで彼女に勝利することだった…！リコ、ロイ、ドットVSオモダカ！トップチャンピオンを相手に、リコたち3人はどう挑むのか─！？

エンテイの目撃情報を元に、群島にやってきたリコたち。辺りを探すも中々手がかりが見つからない。その日の夜、群島に突如として轟く咆哮！そして、海中から隆起する大地、噴き出す溶岩…！とうとう、伝説のポケモン・エンテイが姿を現す─！エンテイとの炎のバトルが今始まる！！