森で具合が悪くなるポケモンが増えていると聞いたリコたちは、ラクリウムの影響なのか、調査を開始する。そこで出会ったのは、毒にやられた野生ポケモンを治療するモリー！今はポケモンセンターで働くモリーとの再会を喜んでいると、森の奥からポケモンたちの怯えた声が…！向かった先には、毒をまき散らして暴れるラフレシアがいて…！？

ぐるみんの元に、黒いレックウザの目撃情報が入る！目撃者の住む町にやってきたリコとロイ。現れたのは熱烈なぐるみんファンのニャビ子。しかし、リコたちがライジングボルテッカーズだと知ると態度が一変。バトルをすることに！ニャビ子が繰り出したのはガオガエン。マスカーニャとのタイプ相性は不利だが…どうするリコ─！？

ライジングボルテッカーズの真実を取り戻すべく再び旅に出たリコとロイは、ドットから情報を得て、ラクリウムの影響を受けたポケモンを追う。向かった先で見つけたのは、地面に空いた無数の穴とラクリウムの痕跡…！そこに突如現れたのは、狂暴化したハガネール！鉄壁の防御を誇るハガネールを前に、リコとロイはどう挑むのか─！？

ラクアでの決戦後、セキエイ学園に戻り学生生活を送るリコ。テラパゴスのパゴゴは力を使い果たしたのか、あれから一度もモンスターボールから出てこない…。そんなリコの元に、ロイがやってくる。ロイはラクリウムの痕跡を見つけたと語り、完全に消滅させるためにはリコの力が必要だと伝えるが─。

ラクアでの決戦から一年。キャプテンピカチュウと共に冒険を続けるロイは、異常な行動をするポケモンの情報を知り、調査する。そこに、ヤミラミを連れた少年・ウルトも現れて…。ロイとウルトが森で目撃したのは、ラクリウムの影響で暴走するケッキング！？消滅させたはずのラクリウムがなぜ─？一方、リコはセキエイ学園に通っており…。

ついにパゴゴと六英雄の力によって、ラクリウムを浄化することに成功。全て終わったと思ったのも束の間、スピネルが突如「ラクアを占拠する」と宣言。ある手段で六英雄を暴走させる…。暴れる六英雄たちによって崩壊するラクアからの脱出を図るリコたち。ラクアを目指したリコとロイの冒険、その先で待っていたものとは─！？

ラクリウムの結晶を前にして、リコたちはギベオンと対峙する！圧倒的な強さで近づくことさえ難しい強敵・ジガルデを相手に、リコ、ロイ、ドット、さらにはアメジオも加わり激しい攻防を繰り広げる！四人で共闘していく中で、少しずつ隙を見つけジガルデに迫っていくリコたちだったが…。

ジガルデを使ってラクリウムを掘り起こそうとするギベオン。そんなギベオンの前にアメジオがやってくる。アメジオが祖父に語る言葉とは…。そして、溢れるエネルギーを目撃したリコたちも駆けつける。ラクリウムの採掘を止めようとするリコたち。その時、ラクリウムの結晶が砕け、中から現れたのは─！？

ラクアの中心地で、100年前に自身で張ったバリアを解除するパゴゴ。そこに突如として現れたのはエクスプローラーズ。ラクリウムを手に入れる為、彼らはバリアが解除されるタイミングを待ち構えていたのだ…！フリードＶＳスピネル、リコＶＳオニキス、ロイＶＳサンゴ、ドットＶＳアゲート─。ラクリウムを巡り、ラクアでの決戦が始まる─！！

ようやくクムリ山の山頂にある、ラクアに到達したリコたち。そこには豊かな自然とたくさんの野生ポケモンが穏やかに暮らす、まさに楽園のような光景が広がっていた！その様子に感動しながら、100年前のルシアスの痕跡を見つけるために探索をはじめる。しかし、そんなリコたちをあるポケモンが監視していて…。