ミアレシティにやってきたリコたちはハンサムハウスを訪れる。待っていたのはマチエールと、彼女の助手・ナヴィ！ポケモンが大好きなナヴィは、リコたちに興味津々。そんな中、マチエールのもとに「メレシー探し」の依頼が舞い込む。調査を進める一行は、「胴着を着た金髪の大男が連れていた」という情報をつかみ─！？

笑って、驚いて、ポケモンもトレーナーのみんなもワイワイ楽しめる「ポケットモンスター」特別編。
個性豊かなポケモンが大集合！どんなハプニングが待っているのかな？
みんなで一緒にワンダーボヤージュ！！

フリードの誘いで、ライジングボルテッカーズがユナイトバトルに参戦！？対戦相手は、人気・実力共にトップクラスのアイドルチーム・シャイニングオーシャンズ！初めて経験するユナイトバトル。強敵相手に苦戦するリコたち。勝利の鍵は、戦略、チームワーク、そして、ユナイトわざ─！？

ぐるみんのライブ配信に「へんしん」したメタモンが乱入！？黒歴史だと落ち込むドット。だが、ファンの間では小さいぐるみん、通称「ミニぐるみん」として大バズり！ドットはステージ出演の依頼を受けていたパンフェスに、メタモンと共に出ることにする。しかし、本番直前、メタモンが行方不明に─！？

きのみを漁る腹ペコのラウドボーンとルガルガン。その前に現れたのは、キャップ…ではなく、キャップに「へんしん」したメタモン！！無邪気なメタモンは、飛行船のポケモンたちとすぐに意気投合するが…。次々と色んなものに「へんしん」していくメタモンに、船内は大大大パニック！？

ライジングボルテッカーズが人助けをしているというニュースが各地で話題に。しかし、リコたちは全く身に覚えがない…。まさか、自分たちの偽物がいる…？真相を確かめるべく調査に向かうリコたち。町で聞き込みをしている中で見つけたのは、なんともう一つのブレイブアサギ号！？偽ライジングボルテッカーズの正体とは一体…？？

ラクアでの冒険を終え、ぼんやりと日々を過ごすリコたち。そんな彼女たちの元にフリードがやってくる。すごいポケモンを調査しようと、フィールドワークに誘い出すフリード。そのすごいポケモンとは…ヒンバス！？しかし、このヒンバス、図鑑の情報とはずいぶん違うみたいで…。それぞれの想いを胸に、新たな冒険が今動き出す─！！

スピネルを取り込み、覚醒したラクリウム・コアが猛威を振るう！エクスプローラーズもリコたちに加勢し、熾烈な総力戦となるが、最大火力でコアを破壊するチャンスは、たったの一度きり…！？その時、ロイとアメジオの想いに応えたレックウザとジガルデが─！？そして、リコの決意とは─。永きにわたるラクアをめぐる戦い、今、決着の時─！！

ステラフォルムになったパゴゴの力を受け、次々とテラスタルする18体のポケモンたち。一方、ラクリウムを消させまいと、エクスプローラーズも総攻撃を仕掛けてくる！絶体絶命の状況でも、諦めず立ち向かうリコたち。しかし、スピネルが取った「ある行動」により、ラクリウム・コアが覚醒し…！？

サンゴ・オニキス・アゲートと激突するロイ・ウルト・フリード！互いのメガシンカポケモンたちの激しい攻防が繰り広げられる中、ロイたちが見つけた勝利への鍵とは…！？一方、リコたちはアメジオとも合流し、ラクア中心部まで到達。そこで目にしたものとは一体…！？