ジルとコニアと共に、アメジオの行方を探すことになったリコは、アメジオの実家を訪れる。そこでリコが見つけたのは、幼い頃のアメジオの写真。その写真は、たった一度の家族旅行で撮ったものだという…。わずかな手がかりに望みをかけて、三人はその島へ向かう！アメジオを見つけることはできるのか…！？

ナンジャモとぐるみんのコラボイベント開催が決定！ぐるみんファンのリコは歓喜する。そして、同じくぐるみんの大ファンであるエクスプローラーズのジルもイベントに参加しようとしていた。しかし、ようやく入手した整理券をジルはなくしてしまう…。落ち込むジルと出会ったリコたちは、整理券探しを手伝うことになり…！？

パルデア地方の遺跡にやってきたリコたちは手分けしてラクリウム・サインの調査を開始！しかし、ロイとウルト、ドットはコレクレーに操られ、コイン探しに夢中になってしまう！一方、リコは、 パートナーのスコヴィランを探しているオレンジアカデミーの学生・カラトウと出会う。そして、パゴゴは遺跡でとあるポケモンと再会することに…！！

ストロングスフィアの真相を伝えるためオモダカとクラベル校長に会いにオレンジアカデミーにやってきたリコたち。ラクリウムとポケモンの関係を解き明かすため、ジニアにも話を聞きに行く。そして、ロイはネモと再会！久しぶりにバトルすることに！！ルカリオVSパーモット！かくとうタイプ同士の熱い闘いが始まる…！

カーナの工場でエクスプローラーズとバトルになるリコ・ロイ・ドット・ウルト。ストロングスフィアで強化されたパルデアケンタロスたちに大苦戦…！ケンタロスたちの様子を観察し、攻略の糸口を探るが…！？そして、そんな諦めないリコたちの姿を見て、オリオは何を思う…。

オリオに会いにガラル地方・カーナの工場にやってきたリコたち。飛行船を作ってほしいとお願いするが、「他を当たって」と断られてしまう…。途方に暮れるリコたちだったが、キャップが何かの気配を感じ、森の方へ駆け出す！その先にあったのは…なんと、解体されたと聞いていたブレイブアサギ号だった！！

リコたちは、セルクルタウンでマードックと再会を果たす！ライジングボルテッカーズを再結成し、ラクリウムの調査をしていることを告げるリコたち。それを聞き、心配するマードック…。そんな中、ジムリーダー・カエデが提案したのは…リコとカエデのポケモンバトル─！？

ナンジャモから連絡を受けてハッコウシティを訪れたドット。街中でポケモンを驚かせるいたずらが多発しているらしい…。映像を確かめてみると、なんとその正体はマッギョ！？やけに素早い動きは、もしかしてラクリウムの影響なのか…？街に調査に向かったドットの前に現れたのは…！？

ドラゴン使いの一族が暮らす街・フスベシティ近辺で黒いレックウザが目撃された？そんな話を聞きつけ、調査に向かったリコたちの前に現れたのは、モトトカゲに乗った仮面姿の三人組！その名も「ドラゴン爆走団」！レックウザについて何か知っているようだが…急にバトルを吹っ掛けられてしまい…！？

エクシード社のテストセンターに潜入するリコとロイ。そこでは、新製品「ストロングスフィア」のデモンストレーションバトルが行われていた。「ストロングスフィア」を使うと、急激に強くなるポケモンたち。でも、その様子はラクリウムを受けた反応に似ている…！？一方その頃、ウルトもテストセンターにやって来ていて…。