レポート作成のため、野生ポケモンの観察を続けるリコ、ロイ、ドット。カイデンは強風が吹くと上手く飛べない自分に苛立ち、ホゲータとも喧嘩をしてしまう…。夜、こっそりとテントを抜け出し、飛ぶ練習をするカイデン。カイデンがいないことに気づいたロイとホゲータはカイデンを探すが、そこにある影が忍び寄り…？

レポートの題材を探すため、野生ポケモンの観察や情報集めをするリコ、ロイ、ドット。リコは、ドットから「花ばしら」という不思議な現象を聞く。『「花ばしら」を見た者は 幸せになれる』と噂されているらしい…！レポートを書くため、ニャローテと一緒に「花ばしら」を探すことにしたリコ。しかし、ニャローテはなぜかご機嫌ナナメで…！？

いよいよナンジャモとの基礎テストに臨むことになったドットとクワッス！事前にナンジャモのバトルを研究し、作戦を立てて対策はばっちり…かと思いきや、タイプ相性の悪いハラバリーに苦戦してしまう。さらには予定外のハプニングも発生して…？ドットは無事、合格することができるのか！？

リコ、ロイに続き、最後に基礎テストを受けることになったドットは、担当ジムリーダーのナンジャモから、基礎テストを「ドンナモンジャTV」で生配信することを告げられる。撮影のリハーサルでロイとバトルをするドットだったが、カメラに緊張するあまり、クワッスとうまく連携がとれなくなって…！？

ロイのテラスタル研修・基礎テストの対戦相手は、コルサ！早くバトルしたいと意気込むロイだったが、ボウルタウンでは芸術祭が開かれており、準備で忙しいコルサに研修を後回しにされてしまう。そこに偶然通りかかったネモに誘われ、バトルをすることになったロイ。2人のバトルを見たコルサは、ロイの戦い方に思うことがあるようで…？

リコのテラスタル研修・基礎テストのため、リコ、ロイ、ドットの3人はセルクルタウンのジムリーダー・カエデの元へ！無事、カエデのいる「パティスリー ムクロジ」に着いたのだが、エクスプローラーズのサンゴも乱入してきて、なぜかスイーツ作り対決に！？リコとニャローテのテラスタル研修の行方は…？

テラスタルを習得するため、オレンジアカデミーで「テラスタル研修」を受けることになったリコ、ロイ、ドット！学校にはクラベル校長や理事長のオモダカ、パルデア四天王のチリ、ポピー、アオキ、ハッサクがいて…。テラスタルデビューを目指す3人の、パルデア地方を舞台にした冒険が幕を開ける！

エクスプローラーズの作戦により、ついに姿を現した黒いレックウザ！その強大な力を前に、圧倒されるリコとロイ。けれど、テラパゴスの、そして自分たちの想いを伝えるなら、今しかない─。ポケモンと冒険に出たあの日から、たくさんの出会い、経験をしてきたふたり…。その全てをぶつけるレックウザとのバトルが今、始まる─！！

サンゴが言い残した「レックウザを呼び寄せる」という言葉…フリードは、手がかりを元にエクスプローラーズのアジトがある島を突き止める。島に向かったリコ、ロイ、フリード、ランドウだったが、そこで待ち受けていたのはスピネルの罠だった─！エクスプローラーズのレックウザ捕獲計画を、リコたちは止めることができるのか…！？

行列に並ばなければ手に入らない、1日30箱限定の銘菓「海のディグダまん」。リコとロイは、店長を助けたお礼として「海のディグダまん」を並ばず手に入れる。一方、エクスプローラーズのある人物も「海のディグダまん」を求め店に並んでいた…。ブレイブアサギ号に戻る途中、ロイはホゲータの背中に果たし状が貼られていることに気がついて…！？