エクスプローラーズ・スピネルの策略により、アメジオと共にナッぺ山の洞窟に閉じ込められてしまったリコ。一方、ロイとドットの前にはサンゴとオニキスが立ちはだかり、大ピンチ！スピネルの目的は一体…！？そしてリコは、アメジオの口から「ある想い」を聞くことになる─。

グルーシャとのバトルの結果、応用テスト不合格を言い渡され落ち込むリコ…。そんなリコを励まそうと、ロイとドットはリコを誘って「パルデア十景」にも数えられているというパルデア最高峰・ナッぺ山の頂上を目指すことになる。そんなリコたちを、エクスプローラーズのスピネルが監視していて…。

いよいよリコの応用テストの番。グルーシャに挑戦するため、ナッぺ山ジムを訪れたリコたちは、テストの待ち時間に立ち寄った「アルクジラ滑り」の店主から、グルーシャの過去を聞くことになり…。パルデア地方最強のジムリーダーと名高いグルーシャ。その実力が、リコ、ニャローテ、テブリムに襲い掛かる─！！

応用テスト不合格をライムから言い渡されたロイ。落ち込んでいたが、ネモの提案を受け、「すごいとっくん」をしてライムへ再挑戦することに。特訓をしながら勝利のヒントを探すロイは、ライムのある言葉を思い出す。アンタとホゲータは、なぜ歌う─？その問いかけの意味は一体…？ロイとホゲータは、ライムにリベンジすることができるのか！？

フリッジタウンに到着したリコたち。ロイの応用テストの相手は、超有名ラッパーの顔を持つジムリーダー・ライム！彼女とのバトルのためには、ライブへの飛び入り参加が必要で！？意気揚々とホゲータ、タイカイデンと共に挑戦するロイに、ソウルフルビート・ライムが牙をむく─！！

ロイの応用テストのためフリッジタウンを目指すリコたちは、ナッペ山にやってくる。ロイとホゲータは、初めての雪に大はしゃぎ！ナッぺ山に住むたくさんのポケモンとの交流を楽しむ一行は、山小屋で一晩休むことにする。焚火の薪を探しに行くロイとホゲータだったが、雪の中はぐれてしまって…！？

いよいよドットのテラスタル研修・応用テストがスタート！バトルの相手はチャンプルタウンのジムリーダー・アオキ。基礎テストとは違い、応用テストは2体のポケモンを使うことが必要で…。ドットはクワッス、カヌチャンと力を合わせ、無事合格することができるのか─！？

ドットの応用テストのため、チャンプルタウンへやってきたリコたち。ナンデモ食堂というさびれた食堂で食事をすることに。近くの宝食堂が人気のあまり、お客さんがいないナンデモ食堂は、看板ポケモン・ドドゲザンの呼び込みもうまくいっていないみたいで…。そんなナンデモ食堂をリコたちがお手伝い─！？

フリードと一緒にクラベル、オモダカの元を訪れたリコたちは、テラパゴスの情報を教えてもらう。しかし、オモダカたちも「いにしえの冒険者」「ラクア」については何も知らないよう…。「あの方の方がご存じかもしれません」と紹介されたのは、オレンジアカデミーの歴史教師・レホールで…！？

交流戦ラストはリコ＆カエデVSチリ！四天王・チリとの対戦に緊張気味なリコ…。強敵を相手にニャローテとどう戦うのか─！？一方、迷子になったテラパゴスを探して校舎に向かったドット。そこで出会ったのは同じくオレンジアカデミーに通う生徒・ボタンだった…！