ブライアがいると言われるてらす池を目指し、鬼が山を登るリコたち。その道中、いい鉄を見つけて喜ぶカヌチャンは、ハンマーを叩き出す。気づけば、カヌチャンのハンマーもずいぶんと大きくなっていて、感慨深くなるドット。そこに野生のオトシドリが現れて、カヌチャンの鉄を持って行ってしまって…！？

テラパゴスの研究をしているブライアに会うため、キタカミの里にやってきたライジングボルテッカーズ。里では収穫祭が行われており、お祭りに参加することに！フリードはお祭りで出会った少女・ゼイユのヤバソチャに興味津々。ロイとアチゲータは、屋台に置かれたとある機械を触ってしまう。すると、ふたりの中身が入れ替わって…！？

テラスタル研修を終えたリコたちは、復活したブレイブアサギ号に乗り、再び六英雄ポケモンを探す旅に出る！ライジングボルテッカーズのメンバー・ポケモンとの再会を喜ぶリコたちに、フリードが預かっていた「いにしえのモンスターボール」を返す。すると、中から六英雄たちが現れて、リコ・ロイ・ドットは六英雄とバトルすることに！？

オレンジアカデミーの危機を救い、改めて、応用テストの合格を告げられたリコ。そんなリコの研修生バトルの相手は…まさかのロイ！？出会ってから、お互いに助け合い、高め合い、成長してきたリコとロイ、そしてニャローテとホゲータ。四天王やジムリーダーも見守る中、これまでの冒険全てをかけたバトルが始まる！！

テラスタル研修を終え、オレンジアカデミーに戻ってきたリコたち。親睦を深めるため、研修生同士でバトルをすることに。ジムリーダーたちもアカデミーに来て会場は大盛り上がり！そんなとき、ドットのスマホロトムにボタンから着信が…。研修生バトルの裏で、ある作戦が動き出していて！？

エクスプローラーズ・スピネルの策略により、アメジオと共にナッぺ山の洞窟に閉じ込められてしまったリコ。一方、ロイとドットの前にはサンゴとオニキスが立ちはだかり、大ピンチ！スピネルの目的は一体…！？そしてリコは、アメジオの口から「ある想い」を聞くことになる─。

グルーシャとのバトルの結果、応用テスト不合格を言い渡され落ち込むリコ…。そんなリコを励まそうと、ロイとドットはリコを誘って「パルデア十景」にも数えられているというパルデア最高峰・ナッぺ山の頂上を目指すことになる。そんなリコたちを、エクスプローラーズのスピネルが監視していて…。

いよいよリコの応用テストの番。グルーシャに挑戦するため、ナッぺ山ジムを訪れたリコたちは、テストの待ち時間に立ち寄った「アルクジラ滑り」の店主から、グルーシャの過去を聞くことになり…。パルデア地方最強のジムリーダーと名高いグルーシャ。その実力が、リコ、ニャローテ、テブリムに襲い掛かる─！！

応用テスト不合格をライムから言い渡されたロイ。落ち込んでいたが、ネモの提案を受け、「すごいとっくん」をしてライムへ再挑戦することに。特訓をしながら勝利のヒントを探すロイは、ライムのある言葉を思い出す。アンタとホゲータは、なぜ歌う─？その問いかけの意味は一体…？ロイとホゲータは、ライムにリベンジすることができるのか！？

フリッジタウンに到着したリコたち。ロイの応用テストの相手は、超有名ラッパーの顔を持つジムリーダー・ライム！彼女とのバトルのためには、ライブへの飛び入り参加が必要で！？意気揚々とホゲータ、タイカイデンと共に挑戦するロイに、ソウルフルビート・ライムが牙をむく─！！