エクスプローラーズに連れ去られてしまったニャオハ。リコはニャオハを取り返すことを決意、フリードたちも協力してくれることになる。エクスプローラーズの隠れ家を突き止めたリコとフリードだったが、そこにはアメジオが待ち構えていた…！リコはニャオハを取り戻すことができるのか！？

不思議なペンダントを狙う一団・エクスプローラーズに追われるリコ。空からリザードンと共に現れたフリードに助けられるが、彼のことも信用できない…。連れられたその先で待っていたのは、フリードの仲間「ライジングボルテッカーズ」と、彼らが乗る飛行船「ブレイブアサギ号」だった─！！

カントー地方にある全寮制の学校・セキエイ学園に入学した、パルデア地方出身の少女・リコ。初めてのポケモン・ニャオハをもらい喜ぶリコだったが、ニャオハは全然言うことを聞いてくれない…。ニャオハとの絆を深めようと奮闘するリコ。一方、リコが持つ「不思議なペンダント」を求め、彼女を探す怪しげな人物たちが現れて─！？