六英雄がエクスプローラーズ本部に囚われていることを掴んだリコたち。アメジオも加わり、六英雄奪還作戦を開始！無事本部に侵入し、作戦は順調に進んでいるかと思われたその時、ルーベラとインディが立ちはだかる…！対峙するリコのカルボウとアメジオのソウブレイズ。力を合わせ、突破することはできるのか─！？

リコの祖母・ダイアナを飛行船で待つライジングボルテッカーズ。ふと気づくと、マードックたちがいなくなっている。手分けして探すリコ・ロイ・ドット・ウルト。見つけたのは、「キビキビ」と不気味なダンスを踊りながら、迫りくる大人たち！？逃げ惑う中、一人、また一人と姿を消していく…。この船には、「何か」がいる……。

宇宙での調査から帰ってきたフリード。スターミー教官との出会い、新たに掴んだラクリウムの情報を語る。そして、ロイはフリードとバトルすることに─。しかも、負けたらライジングボルテッカーズは解散！？憧れの存在であるフリードとリザードンに挑む、ロイとラウドボーン！ロイはフリードを超えることはできるのか─！？

フリードがついに戻ってくる！宇宙から帰還するフリードの船と合流するため、落下予定ポイントに向かうリコたち。しかし、フリードの宇宙船にトラブルが発生し、パラシュートが開かない！？このままでは地面に激突してしまう…！大ピンチを前に、決死のフリード救出作戦が始まる─！！

ラクリウムのデータを入手するため、ドットとボタンはエクシードミュージアムに潜入！厳重なセキュリティを突破し、作戦は順調かと思われたが…コレクレーが行方不明に！？さらには、ルーベラとインディに見つかってしまう！そこにアゲートも現れ、絶体絶命のドットたち！無事、エクシードミュージアムから脱出することはできるのか─！？

ブライアに集められたリコたち。ブライアが語るのは、テラパゴスの秘密、そしてラクリウム浄化に繋がる推理。情報を聞き、すぐにブルーベリー学園を出発しようと焦るロイ。その様子を見たカキツバタは、ポケモンバトルを提案する…！迷うロイだったが、リコたちに背中を押され、カキツバタへのリベンジに挑むことに─！！

アンの誘いを受けて、「メタモンブロック探し」をするリコ。その途中、アンのダイケンキとバトル修行をすることに。マスカーニャやカルボウを気遣い、自分のやりたいことを我慢しているように見えるテブリムに、リコは「テブリムのしたいことをしていいんだよ」と優しく伝える。しかし、その様子を見たアンは、どうやら思うところがあって…？

タロに言われたウルトの修行は、ポケモンについて勉強すること…！？渋るウルトに対し、タロは「負けたら自分の言うことを聞く」という条件でバトルを提案！自信たっぷりでタロのドリュウズに挑むも…大苦戦のウルト。バトル中にポケモンクイズも出題されて、さらに困惑してしまい…！？

強くなるため、リコたちはテラリウムドームで色んなポケモンたちとのバトル修行を開始！しかし、早速ウルトが行方不明になってしまい…！？一方、ロイはブルべリーグ四天王のカキツバタの修行を受けることに！「ゆるーく」がモットーのカキツバタの修行は、一風変わっていて…！？

ポケモンバトルが盛んなブルーベリー学園に修行をするためやってきたリコたち！そこで出会ったのはブルべリーグ四天王のタロ！タロに案内されて、リコたちは学園内のテラリウムドームを探索する。さらに、アンやネモとも再会！ロイは、ネモと久しぶりにバトルをすることになり…！？