きのみを漁る腹ペコのラウドボーンとルガルガン。その前に現れたのは、キャップ…ではなく、キャップに「へんしん」したメタモン！！無邪気なメタモンは、飛行船のポケモンたちとすぐに意気投合するが…。次々と色んなものに「へんしん」していくメタモンに、船内は大大大パニック！？

ライジングボルテッカーズが人助けをしているというニュースが各地で話題に。しかし、リコたちは全く身に覚えがない…。まさか、自分たちの偽物がいる…？真相を確かめるべく調査に向かうリコたち。町で聞き込みをしている中で見つけたのは、なんともう一つのブレイブアサギ号！？偽ライジングボルテッカーズの正体とは一体…？？

ラクアでの冒険を終え、ぼんやりと日々を過ごすリコたち。そんな彼女たちの元にフリードがやってくる。すごいポケモンを調査しようと、フィールドワークに誘い出すフリード。そのすごいポケモンとは…ヒンバス！？しかし、このヒンバス、図鑑の情報とはずいぶん違うみたいで…。それぞれの想いを胸に、新たな冒険が今動き出す─！！

スピネルを取り込み、覚醒したラクリウム・コアが猛威を振るう！エクスプローラーズもリコたちに加勢し、熾烈な総力戦となるが、最大火力でコアを破壊するチャンスは、たったの一度きり…！？その時、ロイとアメジオの想いに応えたレックウザとジガルデが─！？そして、リコの決意とは─。永きにわたるラクアをめぐる戦い、今、決着の時─！！

ステラフォルムになったパゴゴの力を受け、次々とテラスタルする18体のポケモンたち。一方、ラクリウムを消させまいと、エクスプローラーズも総攻撃を仕掛けてくる！絶体絶命の状況でも、諦めず立ち向かうリコたち。しかし、スピネルが取った「ある行動」により、ラクリウム・コアが覚醒し…！？

サンゴ・オニキス・アゲートと激突するロイ・ウルト・フリード！互いのメガシンカポケモンたちの激しい攻防が繰り広げられる中、ロイたちが見つけた勝利への鍵とは…！？一方、リコたちはアメジオとも合流し、ラクア中心部まで到達。そこで目にしたものとは一体…！？

ラクリウムを完全に消し去るための作戦が、いよいよ始まる！二手に分かれて、ラクア中心部を目指す一行。森を進むリコたちの前に現れたのはルーベラとインディ。ストロングスフィアで力を増したデスカーンとデスバーンを繰り出してくる！リコを先に向かわせ、バトルに残るドット・ネモ・ボタンだが…！？

マヨネーズ師匠に敗れ、新たなメガシンカも会得できなかったロイとルカリオ。焦るルカリオに、ロイが提案したのはのんびりすること…！？そして、マヨネーズ師匠のルチャブルと再びバトルすることに。バトルの中で見出したのは、新しい波動の使い方─。そして、その先に掴むのは新たなメガシンカ─！？

ライジングボルテッカーズと合流するためハッコウシティにやってきたフリード。しかし、なにやら怪しい人物に尾行されて…。一方その頃、ラクアへ向かう準備を進めるリコたちの元には、ネモ・ボタン・アンなど18テラスタイプのトレーナーが続々集合。さらには、あんな人やこんな人までやってきて…！？

ついにストロングスフィアが発売され、世界中で使われることに…。リコたちは、今度こそラクリウムを消し去ろうと想いを強める。一方、ラクアの警備に向かうサンゴ・オニキス・アゲートの前に現れたのは…ハンベル！サンゴたちを鍛えたかつての師・ハンベルと3人の壮絶なバトルがはじまる─！？