黄色いルカリオへのリベンジに挑むロイたちを待ち構えていたのは、オイスター伯爵と忍びのショウユという謎の二人組！？ロイとウルトは力を合わせ、ポケモンと心を通わせバトルに挑む─！そして、再び彼らの前に現れたルカリオ！ロイたちは、絆の力「メガシンカ」を習得することはできるのか！？

「イエローブラスト」の異名を持つ黄色いルカリオとのバトルに敗れてしまったロイとウルト。ルカリオとの再戦に挑もうとするふたりの前に、マヨネーズ師匠が現れる。彼が提案したのは、ロイとウルトのポケモンバトル！しかしウルトはヤミラミと息が合わず苦戦してしまい…。メガサイキョーへの道のりは前途多難─！？

ライジングボルテッカーズ解散後、旅を続けるロイ。キャプテンピカチュウと共に、カロス地方のミアレシティを訪れる。そこで出会ったのは、ヤミラミを連れた少年・ウルト─。今明かされるロイとウルトのメガシンカ修行の日々、そして黄色いルカリオとの出会い！！メガ特別編、開幕─！！！！

パゴゴの力でラクリウムの浄化に成功したのも束の間、最大出力のスーパーストロングスフィアによって、再び暴走を始めた六英雄ポケモン！桁違いの強さに圧倒され絶体絶命のリコたち。そのピンチに現れた人物とは…？果たして、狂暴化した六英雄を鎮め、取り戻すことはできるのか─！？

アメジオの父・クレイブに会いにエクシード社の施設にやってきたリコたち。しかし、待ち構えていたのはエクスプローラーズ！全て彼らが仕組んだ罠だった！？エクスプローラーズによって、捕らわれていた六英雄ポケモンたちが暴走─。六英雄を鎮めるため、リコたちはバトルに挑むが─！？

最強ハンマーを作るため、ナカヌチャンは今日も元気に鉄探し！しかし、せっかくお気に入りの鉄を見つけたのに、トラックで回収されてしまった…。飛行船に戻るも、鉄が忘れられないナカヌチャンは、飛び立とうとする飛行船からダイブして─！？一方その頃、サンゴとオニキスはアーマーガアタクシーに乗って、移動中で…。

リコの祖母・ダイアナが久しぶりに船に帰ってきた！ダイアナがつかんだ新たな情報は、ラクリウムを完全に消し去る方法…！？そして、リコのカルボウを鍛えるために、リコとダイアナでバトルすることに！同じほのおタイプのウインディに、カルボウはどう挑むのか─！？

エクスプローラーズのアジトに潜入したウルト。しかし、見つかって捕らわれてしまう！そんな絶体絶命のウルトを助けに現れたのは…ロイ！脱出しようとしたが、ルーベラとインディが立ちふさがる…。ストロングスフィアで強化されたポケモンたちに苦戦するロイとウルト。そのとき、ウルトのカイリューが─！？

ロイとケンカして、ウルトが家出！？船を出ていったウルトは、タギングルを連れた少年・ラァユと出会い、仲良くなる。自分のポケモンについて語り合うふたり。大切にしているダークボールをラァユに見せ、「絶対メガすげぇポケモンが入ってる！」と語るウルトだったが…翌朝目覚めるとダークボールが無くなっていて！？

激しい嵐の中、アーマーガアで飛行するアメジオ。海に落ちそうになった彼を救ったのは…なんとマイティG！？近くの洞窟で嵐が去るまで一休みすることになった二人は、なぜかカレーライスを作ることに…！？そして嵐が去った頃、リコたちはサーフゴーが現れるビーチにやってきていて…。