エクスプローラーズのアジトに潜入したウルト。しかし、見つかって捕らわれてしまう！そんな絶体絶命のウルトを助けに現れたのは…ロイ！脱出しようとしたが、ルーベラとインディが立ちふさがる…。ストロングスフィアで強化されたポケモンたちに苦戦するロイとウルト。そのとき、ウルトのカイリューが─！？

ロイとケンカして、ウルトが家出！？船を出ていったウルトは、タギングルを連れた少年・ラァユと出会い、仲良くなる。自分のポケモンについて語り合うふたり。大切にしているダークボールをラァユに見せ、「絶対メガすげぇポケモンが入ってる！」と語るウルトだったが…翌朝目覚めるとダークボールが無くなっていて！？

激しい嵐の中、アーマーガアで飛行するアメジオ。海に落ちそうになった彼を救ったのは…なんとマイティG！？近くの洞窟で嵐が去るまで一休みすることになった二人は、なぜかカレーライスを作ることに…！？そして嵐が去った頃、リコたちはサーフゴーが現れるビーチにやってきていて…。

ジルとコニアと共に、アメジオの行方を探すことになったリコは、アメジオの実家を訪れる。そこでリコが見つけたのは、幼い頃のアメジオの写真。その写真は、たった一度の家族旅行で撮ったものだという…。わずかな手がかりに望みをかけて、三人はその島へ向かう！アメジオを見つけることはできるのか…！？

ナンジャモとぐるみんのコラボイベント開催が決定！ぐるみんファンのリコは歓喜する。そして、同じくぐるみんの大ファンであるエクスプローラーズのジルもイベントに参加しようとしていた。しかし、ようやく入手した整理券をジルはなくしてしまう…。落ち込むジルと出会ったリコたちは、整理券探しを手伝うことになり…！？

パルデア地方の遺跡にやってきたリコたちは手分けしてラクリウム・サインの調査を開始！しかし、ロイとウルト、ドットはコレクレーに操られ、コイン探しに夢中になってしまう！一方、リコは、 パートナーのスコヴィランを探しているオレンジアカデミーの学生・カラトウと出会う。そして、パゴゴは遺跡でとあるポケモンと再会することに…！！

ストロングスフィアの真相を伝えるためオモダカとクラベル校長に会いにオレンジアカデミーにやってきたリコたち。ラクリウムとポケモンの関係を解き明かすため、ジニアにも話を聞きに行く。そして、ロイはネモと再会！久しぶりにバトルすることに！！ルカリオVSパーモット！かくとうタイプ同士の熱い闘いが始まる…！

カーナの工場でエクスプローラーズとバトルになるリコ・ロイ・ドット・ウルト。ストロングスフィアで強化されたパルデアケンタロスたちに大苦戦…！ケンタロスたちの様子を観察し、攻略の糸口を探るが…！？そして、そんな諦めないリコたちの姿を見て、オリオは何を思う…。

オリオに会いにガラル地方・カーナの工場にやってきたリコたち。飛行船を作ってほしいとお願いするが、「他を当たって」と断られてしまう…。途方に暮れるリコたちだったが、キャップが何かの気配を感じ、森の方へ駆け出す！その先にあったのは…なんと、解体されたと聞いていたブレイブアサギ号だった！！

リコたちは、セルクルタウンでマードックと再会を果たす！ライジングボルテッカーズを再結成し、ラクリウムの調査をしていることを告げるリコたち。それを聞き、心配するマードック…。そんな中、ジムリーダー・カエデが提案したのは…リコとカエデのポケモンバトル─！？