BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

カワキを加えた“新生第七班”が、“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務につくことになった。アカデミーの修学旅行以来の水の国訪問ということで、そのとき友達になった“霧隠れ（きりがくれ）の里”の忍者・枸橘（からたち）かぐらと会うことが楽しみなボルト。そのかぐらは現在、最新鋭設備を備えた刑務所で所長をしており、ボルトは任務の合間を縫って早速かぐらに会いに行くことにする。　だが、華やかな式典の影で、水の国に恨みを持つとある一族が密かに動き始めていた。

デンキを隊長に第五班が、鉱山用の“自律型傀儡（くぐつ）”を“水の国（みず　の　くに）”にある鉱山の島まで搬送し、試運転や動作データの解析をする任務を行うことになった。緊張しながらもチームメイトのイワベエやメタルと協力して任務に取りかかる隊長・デンキ。ところが体力のないデンキは力のいる作業などではあまり役に立たず、鉱山の関係者からは本当に忍者なのかと呆れられる始末で……。　果たしてデンキは忍者としての面目を取り戻し、無事に、隊長として任務を遂行できるのか!?

旅の商人が強盗に襲われる事件が起き、調査のため事件現場へとやってきたワサビ、なみだ、ツバキの第十五班。ツバキはそこで、故郷“鉄の国（てつ　の　くに）”の“侍（さむらい）”が関わっていると思われる痕跡を見つける。さらにその痕跡からひとりの人物に思い当たったツバキは動揺を隠せない。なぜならその人物こそ、かつて尊敬し、ともに刀の腕を磨き合い、競い合った兄弟子であり、ツバキとの間にある因縁を持つ相手だった。

謎の忍者に襲われチョウチョウが負傷。モズクが大切に持ち歩いていた荷物が奪われてしまった。これがただの護衛任務ではなく、忍者に狙われる危険な任務だと悟った隊長のシカダイは一旦里に引き返すことを決断。しかし、故郷の人々を救うために託された荷物を何としても取り戻したいモズクのことを思うカワキは、シカダイの命令を無視してモズクとともにあとを追う。　奇妙な術を使う強敵にたったひとりで立ち向かうカワキは、護衛対象のモズクを護り抜き、故郷・凪の国に無事送り届けることができるのか!?

下忍の資格を得るための試験がうまくいかなかったカワキは、“忍（しのび）”としてのルールや仲間との関係になじめない自分は忍者に向いていないのではないかと思い始める。そんなカワキに七代目火影から、最後のチャンスとして、シカダイ、チョウチョウとともに“凪の国（なぎ　の　くに）”から来たモズクを護衛し、故郷に送り届ける任務が言い渡される。果たしてカワキは今度こそ仲間と協力し、任務をやり遂げることができるのか!?
一方その頃、別の任務についていたボルトたち第七班は、その最中、変装した忍者と思われる人物たちとすれ違ったことで嫌な予感を覚える。

カワキが“下忍”になるため、通常行われている“忍者学校（アカデミー）”の卒業試験とは異なる特別な試験を受けることになった。それは最低難易度である“Ｄランク任務”が遂行可能であれば同等の資格が与えられるというもの。早速、追加メンバーとして各班の任務に加わることになったカワキだが、性格に難があり、チームワークを無視して勝手に行動するカワキはチームメイトを困らせ、任務を混乱させるハメとなる。

サラダを隊長に今後は、ボルト、ミツキの３人で任務を行うことになった第七班。木ノ葉丸（このはまる）がいない任務になることに少しの寂しさを感じる３人だが、そんな中、木ノ葉丸とともに任務に出ていたミライが瀕死の状態で里に戻って来る。簡単なものであったはずの今回の任務だったが、意識を取り戻したミライから当初の予定とは状況が変わったことが報告され、急遽木ノ葉丸のもとに援軍を送ることが決まる。その援軍に名乗りを上げたのは第七班だった。

最終試験となる個人戦の勝者が続々と決まってゆき、試合も残すところあとわずかとなった。ところがいまだにボルトとミツキは会場に現れない。このままではふたりとも“失格”になってしまうと焦るサラダだが……？　そんな中、試合はデンキVSツバキの対戦へ。　忍者とは戦い方の異なる侍であり、実力のあるツバキを相手に自ら開発した科学忍具をひっさげ試合に臨むデンキ。　“科学忍具使いVS侍”――　異色の対戦カードの幕が開く！

実戦形式で行われる最終試験は、お互いに全力を出し合って戦う好勝負が続いていた。そしてサラダVSチョウチョウの試合が始まる。今回、中忍試験に挑んだ下忍たちはもちろん、ナルトに誘われて会場を訪れたカワキや、“砂隠れ（すながくれ）の里”から見学に来たシンキたちも注目する中、“本気の勝負”を約束したふたり。その戦いはほぼ互角で、誰もが息をのんで試合を見つめる。　実力伯仲の親友対決の勝敗はいかに!?

最終試験、今度の試合はイワベエVSワサビ。　互いに負けん気が強く普段はぶつかり合うことが多いふたりだが、どういうわけか珍しく元気のないワサビに困惑するイワベエ。実はワサビは、これまで実績の乏しかった“伊豆野（いずの）一族”の代表としてその期待を一身に背負い、プレッシャーに押しつぶされそうになっていたのだ。自らの実力の限界を勝手に決めて諦めているワサビに腹を立てたイワベエは……？　この試合、勝利の女神はどちらに微笑むのか？