BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

フナムシが残していったと思われる暗号文から、霧隠れの里に危機が迫っていることが判明。かぐらは敵の進路の途中にある村でその動きを止めるという作戦をボルトたちに伝え、一行は急ぎ現地に向かうことになる。実はこの村は、かぐらが幼い頃に過ごした思い出のある場所で、村についたボルトたちは、人々にも協力してもらいながら、村と霧隠れの里を守るために急いで作戦の準備に取り掛かる。

テンマの移動要塞を破壊したボルトたちへの報復のため、海賊たちが造船所の島に上陸。ボルトやかぐらたち忍者と海賊の戦いが始まった。　霧隠れの里との交渉材料のためにかぐらを生け捕りにしようと襲い掛かる舟戸一族配下のフナムシ。かぐらは六代目水影（みずかげ）・長十郎（ちょうじゅうろう）から預かった“双刀（そうとう）・ヒラメカレイ”で応戦するもフナムシは手ごわい。　一方、ボルトの前には青煉が現れ、執拗な攻撃でボルトを苦しめる。追い詰められたボルトはこのピンチを切り抜けることができるのか!?

船の修理が終わり、ボルトたちが造船の島から発つ日が近づいた。友達になったボルトにいつか夢をかなえて会いに行くと約束するイカダ。ところがそんなイカダの前に姉の青煉（セイレン）が現れ、強引に家に連れ戻そうとする。姉の青煉は、イカダが家を出るときに唯一味方をしてくれたはずだったのだが、その姉に気持ちを理解してもらえないイカダは苦悩する。
一方、船の出発を待つ文淡、蛇苺、巨峰は、今回の働きによる減刑を期待するが、思いのほか見返りが少ないことを知り……!?

船の修理に必要な部品がある工場を目指し、イカダが操縦する船でともに出発したボルトは、イカダの優れた操縦の腕前に感心する。家族に反対されながらも家を出たイカダは、船に関係する仕事を探す中で親方のカジキと出会い、立派な船大工になる夢を持つようになったという。ほかにもいろいろな話をしすっかり打ち解けたボルトとイカダ。そんな中、事故に遭った船を見かけたふたりは、協力して乗組員を救助するが、その最中ボルトは信じられないものを目にする。

船体のトラブルで、ボルトたちやドトウ島の人々を乗せた船が海上で動かなくなってしまった。そこに船大工のカジキと弟子のイカダが通りかかり、ふたりが暮らす造船の島で修理をしてもらえることになった。島に着いたボルトたちは、それぞれ、修理の手伝いや里への状況報告など、できることをしながら船の修理が終わるのを待つ。
その頃、水の国付近の海では、舟戸一族に従い続々と集結した海賊たちと水の国との衝突が避けられない状況となりつつあった。

救出したドトウ島の人々を安全な場所に送り届けるため調達した船の中で、殺人事件が発生。遺体の状態から巨峰が犯人として疑われるも、本人はまったく心当たりがないと言い、だからといって犯人ではないという確証もない。それでも巨峰を信じたいかぐらは、容疑者・巨峰の監視役にボルトとイワベエを残し、ほかのメンバーたちといくつかのチームに分かれ、別に犯人がいる可能性がないか手がかりを探すことにする。そんな中、カワキがあることに気づく。

強力な兵器を備えた移動要塞によって、島の人々と彼らの避難を急ぐサラダたち木ノ葉隠れの仲間が危険にさらされることがわかり焦るボルト。そんな中、かぐら、蛇苺、巨峰が援軍として、ボルト、カワキ、文淡のもとに現れる。ボルトたちは人々を守るために、何とかして兵器を破壊しようとするが、テンマに行く手を阻まれ戦いへと突入。そうしている間にも兵器の発動準備は進んでゆく。　果たしてボルトたちは移動要塞の脅威から人々と仲間を守り抜くことができるのか!?

ドトウ島付近を警戒中のボルトたちの前に、突如巨大な移動要塞が姿を現した。かぐらの指示で、カワキ、文淡とともに移動要塞に忍び込み、情報を集めることになったボルト。三人はそこで、舟戸一族の長・アラウミの次男で養子のテンマの非道ぶりを目の当たりにする。　一方、デンキたち第五班と合流することができたサラダとミツキは、第五班と協力して島の人々を救出するための作戦を開始する。

水の国付近の海が海賊たちに占拠され、デンキたち第五班が任務中の鉱山の島、“ドトウ島（じま）”とも連絡が取れなくなってしまう。島の人々の救出と第五班の援護のため、新生第七班はかぐら率いる隊とともにドトウ島へ向かうのだが、その隊のメンバーとは、かつて“新・忍刀七人衆（しん・しのびがたな　しちにんしゅう）”を名乗り、修学旅行中のボルトたちと戦いを繰り広げた文淡（ブンタン）、蛇苺（ヘビイチゴ）、巨峰（キョホウ）の３人だった。罪人である彼らを警戒しつつも協力することになったボルトたちは、偵察隊としてサラダとミツキを島に上陸させ、残りのメンバーで島付近の様子を探ることにする。

水の国で行われている式典の最中、飛行船が爆破される事件が発生した。事件のことを知り急ぎ現場へ向かおうとするボルトだが、そのとき突然、訪問中の刑務所を何者かが襲撃。ボルトは所長のかぐらとともに敵を迎え撃つことになる。
修学旅行以来の久々の再会で共闘することになったボルトとかぐら。ふたりは収監中の海賊集団の長・舟戸（ふなと）アラウミの脱獄という敵のもくろみを阻止できるのか!?