BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

連れ去られたカエを救うため、“忍者”として、危険な暗殺者に挑むカワキ。その相棒としてヒマワリが戦いをサポートする。ふたりは連携攻撃で敵を追い詰めようとするが、“暗殺者”になるためだけに生きてきた敵は手強い。一方、暗殺者との直接対決をカワキたちに任せることにしたクラスメイトは、自分たちにも何かできるはずだと行動を起こす。
カワキは、同じ時間を過ごしてきた大切な仲間を救い、任務をまっとうすることができるのか!?

カエの命を狙う暗殺者がついにその正体を現した。これまで何度か戦い相手が強敵であることを知っているカワキは、これ以上生徒たちを危険な目にあわせないようひとりで暗殺者を追うことにする。だがカワキひとりで島内のどこかにいる暗殺者を追うのは難しいと思われた。そんなカワキにクラスメイトたちは、今の自分にできる範囲で力を合わせ、一緒に暗殺者を追い、カエを助けたいという決意を伝える。こうしてクラスの仲間全員による追跡作戦が始まる！

学園祭が中止となり残念に思うカエとの新たな思い出を作ろうと、カワキやヒマワリたちのクラスは野外授業で無人島にやってきた。ところがこの島には、“里から離れた無人島”ということでさまざまなウワサ話があるばかりか、用意してきたはずの食料がなくなるなど次々とハプニングが起こる。いきなり不穏なものとなった野外授業だが、生徒たちはハナの指示の下、協力してこの難局を乗り越えようとする。そんな中カワキは、カエを狙う暗殺者がまだどこかに潜んでいるのではないかと考え警戒を強める。

学園祭で起きた爆破事件のときに生徒をかばってケガをしたクラス担任のハナと再びカエの護衛をすることになったカワキがクラスに戻り、アカデミーはもとの生活に戻りつつあった。そんな中、爆弾騒ぎのどさくさに紛れてカエが命を狙われたことを知ったハナは、生徒たちの一番近くにいながら事件を未然に防げなかった自分の未熟さを反省しながら、当時のことを思い出すため事件現場を訪れる。

アカデミーの学園祭で起きた爆破事件に紛れ、カエが命を狙われた。これを受け、暗殺者の存在に気づいていながら報告を怠ったとしてカワキが護衛任務を解かれ自宅待機することに。一方、事件により帰国が早まることになったカエは、中途半端に終わってしまう留学を心残りに思いつつ、カワキがこれまで、友達としてではなく、任務のためにずっと気にかけてくれていたのだと思い傷つく。そんなカエに、再び怪しい影が近づいていた。

いよいよアカデミーの学園祭が始まった。学園祭にはボルトたち卒業生をはじめ大勢の人々が集まり大賑わい。そんな中、先日、カエを狙う暗殺者と思われる人物と遭遇していたカワキは、そのことを気がかりに思いつつも、この日のためにクラスメイトと劇の稽古に励み、今日の本番を楽しみにしているカエを見て、とりあえず暗殺者の件は報告せず、カエが存分に学園祭を楽しめるよう見守ることにする。ところが人々で賑わうアカデミーで突如爆破事件が起き、犯人から脅迫状が届く。

カワキやヒマワリたちのクラスが、学園祭の出し物で“伝説の三忍（でんせつ　の　さんにん）”の劇をやることになった。生徒たちは、劇の小道具として持ち寄った手作りの“額当て（ひたいあて）”をつけて稽古に励むが、そんな中ひょんなことから、カワキが本物の額当てを持っていることを知った風魔（ふうま）エイキがカワキの正体を暴き出し、このことをネタに、カエからカワキを引き離そうとする。カエに任務のことを知られるわけにいかないカワキはこれをうまくかわすことができるのか!?

ヒマワリが、大女優の母を持つクラスメイト・鎌倉（かまくら）オスカを狙った身代金誘拐事件に巻き込まれてしまった。ところが、ヒマワリが“火影の娘”だと知った誘拐事件の首謀者は、よりたくさんの利益を得ようとヒマワリまでをも利用しようとたくらむ。
一方、事件のことを知ったカワキは、ヒマワリたちのことを心配するカエや浅草（あさくさ）ネオンらと協力して、ふたりの居場所を見つけ出そうと奔走する。

カワキやヒマワリたちのクラスが、アカデミー近くの森で実技実習をすることになった。生徒たちは“三人一組（スリーマンセル）”のチームを組んでそれぞれ実習を行うことになるのだが、よりによって護衛対象のカエと別の班になってしまうカワキ。カエの姿を見失いかねない状況に焦るカワキはそのせいで実習に身が入らず、同じ班になった生徒の足を引っ張るハメになる。そんな中、謎の人物に呼び出されたカエが姿を消し、それを知ったカワキはカエの身に危険が迫る前に見つけねばと、ヒマワリとともに行方を探す。

クラスで話題になった“忍者学校（アカデミー）の七不思議”を確かめるため、ヒマワリたち数人のクラスメイトが夜のアカデミーを探検することになった。メンバーの中にはカエもいることから、仕方なく探検に加わるカワキ。だがカエが七不思議のことを信じておらず、探検を楽しみにしているヒマワリたちのために偽の怪奇現象を起こそうとしていることを知る。なりゆきで手伝うことになったカワキは、そんなカエに呆れつつも楽しそうな姿を見て、最後までつきあうことに決めるが、その途中で計画にない不可思議なできごとが起きる。