BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

ボルト、サラダ、ミツキが、アカデミーで、カワキやヒマワリたち新入生のために特別講師をすることになった。授業にはクラス担任のハナも立ちあうが、実績もあり、“螺旋丸”など派手な術で生徒の目を釘付けにするボルトたちとは反対に、地味な術しか使えず、教師としても未熟な自分は、生徒たちの興味を引くこともできないと落ち込む。そんな中、ボルトたちが用意したとある模擬訓練が原因でクラスが真っぷたつに分かれて対立。困ったハナは、何とかしてクラスをまとめ直そうと奮闘する。

慣れない学校生活に苦労するも、護衛対象のカエと友達になることに成功したカワキ。そんな中、ヒマワリたちクラスメイトともっと仲良くなりたいカエが、みんなを屋敷に招いてお茶会を開くことになる。任務のこともありカエから目を離すことができないカワキも仕方なく参加。場違いなお茶会に戸惑いながらもなじもうとがんばるカワキだったが、その最中に異変を感じ……!?

カワキが新入生として、ヒマワリたちとともに“忍者学校（アカデミー）”に入学することになった。だがそれは表向きのことで、実は他国から留学中の王女・雪割（ゆきわり）カエを、本人にも悟られないように刺客から守る極秘の護衛任務だった。ナルトからじきじきに頼まれた任務ということでしぶしぶ年下の生徒たちとアカデミーに通うことになったカワキだが、頼りないクラス担任・華々（かか）ハナをはじめ、クラスメイトも個性的な面々ばかりで……。
協調性に難ありなカワキの前途多難なスクールライフが始まる!!

カカシと一緒に街を歩いていたボルトが何やら揉めている人々と遭遇。険悪なムードの中、浮かない顔をする若い男女を見かけたボルトは、ふたりが結婚の約束していること、互いの祖父が対立するメンバーの中心人物であるためそのことを言い出せずにいることを知る。若いふたりの将来のために何とか力になりたいと考えるボルトはカカシにも協力を頼むのだが、カカシはまったくやる気を出さない。ところが、“あるもの”に突き動かされたカカシが重い腰を上げることになる!?

最近、猫のミカヅキが姿を見せなくなり、少し心配なミツキ。そんな中ミツキは、ボルトやサラダとともに、奇妙な連続襲撃事件の捜査に難航する警務部からの依頼によって、里内のパトロールに協力することになる。連日、パトロールに明け暮れるミツキだが、ある日のこと、ミカヅキが別の誰かからエサをもらい、違う名前で呼ばれてかわいがってもらっているところを見かけ……？

ボルト、カワキ、そして、ナルト、ヒナタ、ヒマワリが、家族旅行で温泉にやってきた。早速、旅行を満喫することにした５人は、家族で卓球を楽しみ、旅館の食事と温泉を堪能して大満足。出発前は遠慮していたカワキもボルトたちとともに楽しい時間を過ごすことになる。そんな中、旅館が主催するイベントの告知を見つけたボルトとカワキは、景品のプレゼントに興味を持ち参加してみることに。

人気の忍映画シリーズ“エビルジャマー・カゲマサ”の撮影に、“七代目火影・本人役”で出演を依頼されたナルトの代役として木ノ葉丸が出ることになった。初めての映画出演、しかも、尊敬する七代目火影役ということで張り切る木ノ葉丸。ところが思っていたものと違う撮影現場の様子に戸惑ってしまう。そんな中、助監督からある話を聞いた木ノ葉丸は、映画をさらに面白いものにするため一計を案じることにする。

チョウチョウといのじんが、任務で知り合った元・抜け忍でラーメン屋の店主、熊野（くまの）ジンゴのラーメン作りを手伝うことになった。チョウチョウといのじんに味は悪くはないものの、何か物足りないと言われたラーメンをもっとおいしくするため、ふたりからアドバイスをもらい、元・忍者という経歴を活かしたこだわりの新メニューの開発にジンゴは打ち込む。　果たして目指す極上のレシピは完成するのか!?

水の国を揺るがした海賊たちの反乱も収まり、仲間とともに木ノ葉隠れの里へと帰って来たボルトは、イカダのその後が気になっていた。かぐらの嘆願書によって文淡たちは無罪放免となるが処遇の決まらないイカダ。イカダは海賊たちとともに水の国と敵対することにはなったものの、ボルトは寛大な処置を願い、カワキはボルトとは異なり厳罰が下ることも仕方がないと言い切ってふたりはケンカとなってしまう。ボルトが今回の戦いに巻き込まれた人々のことやカワキの言い分について考える中、父のナルトが言葉をかける。

必死の説得も空しくイカダの心を変えることができなかったボルトが、水の国と海賊たちの戦いを止めるため自身の命を差し出す覚悟を決めた。もしも自分が死ぬことになっても、怒りに駆られて戦ったりしないようにサラダとミツキに言うボルト。だがふたりにそれを黙って見過ごすことができる訳もない。
果たしてボルトたちは、復讐が復讐を呼ぶことになったこの争いを止め、平和な海を取り戻すことができるのか!?