BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONS

研究所の監視役・瑪瑙に襲われた上、毒を盛られて窮地に陥るサスケ。万事休すかと思われたそのとき、それを救ったのは妻のサクラだった。医師として研究所に潜入したサクラは、サスケに任務の変更とこれを補佐することを伝え、夫婦による潜入捜査が始まる。　サクラが持ち込んだ資料から、六道仙人の病を治したのは“極粒子（きょくりゅうし）”と名付けられた物質であること、そのありかを知るためには“天体絵図（てんたいえず）”という書物を手に入れる必要があることを知ったふたりは、研究所の書庫を調べることにする。

病にかかったナルトを救うため、サスケが“烈陀国（レダクこく）”にある古い天体観測施設“タタル天文学研究所”へとやってきた。ほかとは隔絶されたこの場所では、なぜか絶滅したはずの生き物“竜獣（りゅうじゅう）”の一種、“瑪瑙（めのう）”が闊歩し、この竜獣を監視役に、囚人たちが過酷な労働を強いられていた。囚人のひとりとして研究所に潜入したサスケは、かつてナルトと同じ病に悩まされていた“忍宗（にんしゅう）の祖・六道仙人（りくどうせんにん）”がこの地で病を治したという古代の記録をもとに、治療のための手がかりをつかもうとしていた。

再び目覚めたボルトは、なぜか最初に目覚めた場所に戻っていた。　ボルトは「何も信じるな」というかつての被験者が残した言葉を手がかりに、オウガを倒すことで実験を終わらせ、被験者たちを救い出そうとする。これまでの実験をクリアしたメンバーとともに着実にゴールへと近づいていくボルト。　その果てに待ち受けるものとは？　オウガとは一体何者なのか!?
多くの人々を巻き込んだ命がけの実験の真の目的がついに明らかになる！

自身の命の危険もかえりみず、ほかの被験者たちに先を急がせ、オウガの手下の可能性がある人物との対決に挑むボルト。だが被験者たちにはいつの間にかこれまでとは違う感情が芽生えており、ボルトとともに疑惑の人物と戦う決意をする。
一方、ボルトの行方を探すサラダたちは、突如手練れの忍者たちに囲まれてしまうものの、彼らから今回の事件に関する思いもよらない情報を得ることになる。

ボルトたちがオウガの実験に強制参加させられていた頃、木ノ葉隠れの里では、いなくなったボルトの行方を探すサラダたちがある資料から怪しげな人物の存在にたどり着いていた。
一方、被験者の中にオウガの手下が紛れ込んでいる可能性があると聞いたボルトは、“手下”として名指しされたのが意外な人物であることに戸惑う。そんな中、実験とは関係なく “何者か”の手によって殺された被験者が見つかる。

オウガの実験により誰もが疲れ果ててゆく中、被験者のひとりがふと、自身の夢を口にしたことがきっかけとなり、ボルトたちはそれぞれ生還したあとの夢について語り合う。その場が少し和やかになったのも束の間、ボルトたちはオウガが用意した新たな実験に参加させられることとなり、さらにはお調子者の被験者がとった軽はずみな行動が原因で、全員が再び命の危機にさらされることになる。

危険な実験によって次々と被験者が脱落してゆく中、ボルトは全員が無事の生還を果たせる方法を見出そうとする。そんなボルトたちが次に課せられたのは、自らの“生命”と直結しているというロウソクを手に先へと進むこと。他人を犠牲にしてまで自分だけが助かろうとする者もいる中、同じく木ノ葉隠れの里の忍者である雁首（がんくび）キセルら頼れる協力者を得たボルトは、彼らとともに被験者全員によるクリアを目指すも、オウガの実験はそんなボルトたちを容赦なく追い詰めてゆく！

雷車（らいしゃ）に乗っているうちにウトウトしてしまったボルト。しばらくしてふと目覚めたボルトは、たまたま同じ雷車に乗り合わせていた乗客たちとともに見知らぬ場所にいた。突然のことに戸惑う乗客たちだが、そんな彼らが、“謎の人物”オウガによって強制的に“命がけの実験”へと参加させられることになる。
“実験”と言う名のデスゲーム!!　これを見事クリアし、無事に生還を果たすのは誰だ!?

ボルトが仲良くなった動物好きの少年ツヅラがかわいがっていた鷹が、突然人手に渡ることになった。まだケガが治りきっていない鷹を手放したくないツヅラだが、そんなツヅラにさらに衝撃的な言葉が告げられ、驚いたツヅラは大切な鷹を手放さなくてもすむよう、ひとり奮闘する。偶然この話を耳にし、ツヅラのために力になりたいと考えるボルトもまた、サスケが止めるのも聞かずに駆け出してしまう。

連絡用の鷹を手に入れようとするサスケとともにボルトが鷹の訓練士のところにやって来た。ボルトたちはそこで、珍しい動物を売りさばいて金儲けをしている人物がいるという話を聞き、その人物について調べてみることにする。そんな中ボルトは、動物好きな少年、舌切（したきり）ツヅラと出会い仲良くなるのだが、ツヅラは母の方針で学校にも行かず、本当にやりたいこともあきらめてしまっていた。そんなツヅラはケガで飛べなくなった一羽の鷹だけを友達にしており、この鷹が再び大空を飛べるように大切に世話をしていた。